Výsledky vyhledávání
- 1.0586001 - FGÚ 2025 RIV BA eng J - Článek v odborném periodiku
Umek, N. - Pušnik, L. - Ugwoke, Ch. K. - Šink, Ž. - Horvat, S. - Janáček, Jiří - Cvetko, E.
Skeletal muscle myosin heavy chain expression and 3D capillary network changes in streptozotocin-induced diabetic female mice.
Biomolecules and Biomedicine. Roč. 24, č. 3 (2024), s. 582-592. ISSN 2831-0896. E-ISSN 2831-090X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2023050; GA MŠMT(CZ) EF18_046/0016045
Institucionální podpora: RVO:67985823
Klíčová slova: 1 diabetes mellitus (T1DM) * skeletal muscle * myosin heavy chain (MyHC) isoforms * capillary network analysis * muscle fiber composition * three-dimensional (3D) image analysis
Obor OECD: Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.17305/bb.2023.9843
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0353625 - 2.0579452 - ÚMG 2024 RIV CZ eng L4 - Software
Michálik, Juraj - Štěpánek, Ondřej
IDEIS – identification of isoforms.
Interní kód: IDEIS01 ; 2023
Technické parametry: IDEIS je soubor skriptů napsán v jazyce Python a R. Je určen pro single-cell RNA data genové exprese získaných sekvenací knihoven generovaných za pomoci 10X Chromium Single Cell 5’ Kitů. Ze seznamu exonů a pravidel na konstrukci umelých “transkriptů” skripty vyhotoví co nejvhodnejší “transkriptom” pro určení isoforem CD45/PTPRC, na který jsou pak mapovány ready za využití externího programu Salmon Alevin. Data jsou pak zpracovány v R pro co nejsnadnější manipulaci pri dalších analýzách. Tento software umožňuje analýzu isoforem bez nutnosti další úpravy experimentu. Licence bude poskytnuta formou CC-BY-4.0. E-mail: juraj.michalik@img.cas.cz
Ekonomické parametry: Úspora nákladů na sekvenačním kitu a protilátkach v hodnotě 20 000 Kč na experiment. Úspora času při přípravě označování buněk protilátkami během přípravy single-cell experimentů nevyžadujících jiné protilátky a jejich následné analýzy v hodnotě cca. 20 človekohodin na experiment.
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: Ptprc * CD45 * isoforms * scRNAseq * 10X * 5’ Libraries
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
https://github.com/Lab-of-Adaptive-Immunity/IDEIS
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0348256 - 3.0575856 - ÚEB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Timofeyenko, Ksenia - Kanavalau, D. - Alexiou, P. - Kalyna, M. - Růžička, Kamil
Catsnap: a user-friendly algorithm for determining the conservation of protein variants reveals extensive parallelisms in the evolution of alternative splicing.
New Phytologist. Roč. 238, č. 4 (2023), s. 1722-1732. ISSN 0028-646X. E-ISSN 1469-8137
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-08067S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000738
Institucionální podpora: RVO:61389030
Klíčová slova: alternative splicing * bioinformatics * determinism * isoforms * machine learning * molecular evolution * transcriptome
Obor OECD: Environmental biotechnology
Impakt faktor: 9.4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1111/nph.18799
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345561Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 2023_Timofeyenko_New Phytologist_1722___@@@.pdf 1 887.1 KB Jiná povolen - 4.0574514 - BFÚ 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Goswami, Pratik - Šislerová, Lucie - Dobrovolná, Michaela - Havlík, J. - Šťastný, J. - Brázda, Václav
Interaction of C-terminal p53 isoforms depends strongly upon DNA sequence and topology.
Biochimie. Roč. 208, MAY 2023 (2023), s. 93-99. ISSN 0300-9084. E-ISSN 1638-6183
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: p53 isoforms * G-quadruplex * Atomic force microscopy * p53-DNA binding * Supercoiled DNA
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.9, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908422003352?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0350064 - 5.0558794 - BFÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Legartová, Soňa - Lochmanová, G. - Bártová, Eva
The Highest Density of Phosphorylated Histone H1 Appeared in Prophase and Prometaphase in Parallel with Reduced H3K9me3, and HDAC1 Depletion Increased H1.2/H1.3 and H1.4 Serine 38 Phosphorylation.
Life. Roč. 12, č. 6 (2022), č. článku 798. E-ISSN 2075-1729
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: acetylation * site * transcription * organization * nucleosome * expression * variants * dynamics * isoforms
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 3.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2075-1729/12/6/798
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340479 - 6.0556130 - FGÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Fábera, Petr - Uttl, Libor - Kubová, Hana - Tsenov, Grygoriy - Mareš, Pavel
Adenosine Kinase Isoforms in the Developing Rat Hippocampus after LiCl/Pilocarpine Status Epilepticus.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 23, č. 5 (2022), č. článku 2510. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-11931S; GA MZd(CZ) EF16_025/0007444; GA ČR(CZ) GA18-09296S
Institucionální podpora: RVO:67985823
Klíčová slova: adenosine kinase * isoforms * inhibitor * development * hippocampus * epileptic afterdischarges * rat * LiCl/pilocarpine * status epilepticus
Obor OECD: Pharmacology and pharmacy
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/23/5/2510
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0330483 - 7.0524126 - FGÚ 2021 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Pajuelo-Reguera, David - Čunátová, Kristýna - Vrbacký, Marek - Pecinová, Alena - Houštěk, Josef - Mráček, Tomáš - Pecina, Petr
Cytochrome c Oxidase Subunit 4 Isoform Exchange Results in Modulation of Oxygen Affinity.
Cells. Roč. 9, č. 2 (2020), č. článku 443. E-ISSN 2073-4409
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA16-13671S; GA MZd(CZ) NV17-28784A
Institucionální podpora: RVO:67985823
Klíčová slova: mitochondria * OXPHOS * respiratory chain * cytochrome c oxidase * COX * COX4 isoforms * COX4i2 * oxygen affinity * p(50) * oxygen sensing
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 6.600, rok: 2020
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2073-4409/9/2/443
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0308474 - 8.0520907 - MBÚ 2020 CH eng J - Článek v odborném periodiku
Binarová, Pavla - Tuszynski, J.
Tubulin: Structure, Functions and Roles in Disease.
Cells. Roč. 8, č. 10 (2019), č. článku 1294. E-ISSN 2073-4409
Grant CEP: GA ČR GA15-11657S
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: tubulin * isoforms * chemotherapy drugs
Obor OECD: Cell biology
Impakt faktor: 4.366, rok: 2019
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3390/cells8101294
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0305581 - 9.0490239 - FGÚ 2019 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Meznaric, M. - Eržen, I. - Karen, Petr - Cvetko, E.
Effect of ageing on the myosin heavy chain composition of the human sternocleidomastoid muscle.
Annals of Anatomy-Anatomischer Anzeiger. Roč. 216, March (2018), s. 95-99. ISSN 0940-9602. E-ISSN 1618-0402
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2015062; GA MŠMT(CZ) LTC17023
Institucionální podpora: RVO:67985823
Klíčová slova: human * ageing * sternocleidomastoid muscle * immunohistochemistry * myosin heavy chain isoforms * muscle fibre types
Obor OECD: Anatomy and morphology (plant science to be 1.6)
Impakt faktor: 2.241, rok: 2018
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0284506 - 10.0485514 - BFÚ 2018 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Hylse, O. - Maier, L. - Kučera, R. - Perečko, Tomáš - Svobodová, Aneta - Kubala, Lukáš - Paruch, K. - Svenda, J.
A Concise Synthesis of Forskolin.
Angewandte Chemie - International Edition. Roč. 56, č. 41 (2017), s. 12586-12589. ISSN 1433-7851. E-ISSN 1521-3773
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: adenylyl-cyclase isoforms * key intermediate * enantioselective route
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 12.102, rok: 2017
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0280506