Výsledky vyhledávání
- 1.0579941 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Faltejsková, Kateřina - Vondrášek, Jiří
PAPerFly: Partial Assembly-based Peak Finder for ab initio binding site reconstruction.
BMC Bioinformatics. Roč. 24, č. 1 (2023), č. článku 487. ISSN 1471-2105. E-ISSN 1471-2105
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ChIP-seq * DNA recognition * transcription factor * peak analysis * algorithm * graph theory
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 3, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s12859-023-05613-5
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0348738 - 2.0576362 - ÚOCHB 2024 CZ eng A - Abstrakt
Horáček, Natan - Kyjaková, Pavlína
Clustering of molecular networks for GCXGC-MS data processing.
Abstrakty přednášek v sekci Mládí vpřed a plakátových sdělení 24. ročníku Školy hmotnostní spektrometrie. Brno: Spektroskopická společnost Jana Marka Marci, 2023 - (Cvačka, J.; Vrkoslav, V.; Hubálek, M.; Vlk, M.). s. 26. ISBN 978-80-88195-43-6.
[Škola hmotnostní spektrometrie /24./. 11.09.2023-15.09.2023, Milovy]
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: automatic data processing * graph theory algorithms * spectra similarity
Obor OECD: Analytical chemistry
https://lcms.cz/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/abstrakty_sbornik_final_2023_3640c3638d/abstrakty_sbornik_final_2023.pdf
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345933Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup Škola hmotnostní spektrometrie (24).pdf 0 1.7 MB Vydavatelský postprint povolen - 3.0575483 - ÚTIA 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Tyburec, Marek - Zeman, J.
Bounded Wang tilings with integer programming and graph-based heuristics.
Scientific Reports. Roč. 13, č. 1 (2023), č. článku 4865. ISSN 2045-2322. E-ISSN 2045-2322
Grant ostatní: GA ČR(CZ) GX19-26143X
Institucionální podpora: RVO:67985556
Klíčová slova: integer programming * combinatorial optimization * bounded Wang tiling * heuristics * graph theory
Obor OECD: Applied mathematics
Impakt faktor: 4.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
http://library.utia.cas.cz/separaty/2023/MTR/tyburec-0575483.pdf https://www.nature.com/articles/s41598-023-31786-3
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345382 - 4.0572336 - ÚI 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Rehák Bučková, Barbora - Kala, David - Kořenek, Jakub - Matušková, V. - Kumpošt, Vojtěch - Svobodová, L. - Otáhal, Jakub - Škoch, A. - Šulc, V. - Olšerová, A. - Vyhnálek, M. - Janský, P. - Tomek, A. - Marusič, P. - Jiruška, P. - Hlinka, Jaroslav
Structural connectivity-based predictors of cognitive impairment in stroke patients attributable to aging.
PLoS ONE. Roč. 18, č. 4 (2023), č. článku e0280892. ISSN 1932-6203. E-ISSN 1932-6203
Grant CEP: GA MZd(CZ) NV17-28427A
Grant ostatní: AV ČR(CZ) StrategieAV21/1; AV ČR(CZ) StrategieAV21/26
Program: StrategieAV; StrategieAV
Institucionální podpora: RVO:67985807 ; RVO:67985823
Klíčová slova: Stroke * Aging * Structural connectivity * Diffusion Magnetic Resonance Imaging * White matter * Cognitive Dysfunction * Tract-Based Spatial Statistics * Graph Theory * Tractography
Obor OECD: Neurosciences (including psychophysiology; Neurosciences (including psychophysiology (FGU-C)
Impakt faktor: 3.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0280892
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0343075Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 0572336-aoa.pdf 2 1.7 MB OA CC BY 4.0 Vydavatelský postprint vyžádat - 5.0557325 - ÚI 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Jajcay, Lucia - Tomeček, David - Horáček, J. - Španiel, F. - Hlinka, Jaroslav
Brain Functional Connectivity Asymmetry: Left Hemisphere Is More Modular.
Symmetry-Basel. Roč. 14, č. 4 (2022), č. článku 833. E-ISSN 2073-8994
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-17211S; GA ČR(CZ) GA21-32608S
Institucionální podpora: RVO:67985807
Klíčová slova: cerebral dominance * data analysis * functional laterality * fMRI * functional connectivity * graph theory * modularity
Obor OECD: Neurosciences (including psychophysiology
Impakt faktor: 2.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
http://dx.doi.org/10.3390/sym14040833
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0331363Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 0557325-aoa.pdf 7 356.8 KB OA CC BY 4.0 Vydavatelský postprint povolen - 6.0545777 - ÚTIA 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Brentan, B. - Carpitella, Silvia - Izquierdo, J. - Luvizotto, E. - Meirelles, G.
District metered area design through multicriteria and multiobjective optimization.
Mathematical Methods in the Applied Sciences. Roč. 45, č. 6 (2022), s. 3254-3271. ISSN 0170-4214. E-ISSN 1099-1476
Institucionální podpora: RVO:67985556
Klíčová slova: decision making * district metered areas * fuzzy AHP * graph theory * k-means algorithm * metaheuristic * multiobjective optimization * TOPSIS * water distribution systems
Obor OECD: Audio engineering, reliability analysis
Impakt faktor: 2.9, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
http://library.utia.cas.cz/separaty/2021/MTR/carpitella-0545777.pdf https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mma.7090
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0322771 - 7.0545088 - ÚI 2022 RIV CH eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Hartman, David - Pokorná, A.
Constructions of Betweenness-Uniform Graphs from Trees.
Extended Abstracts EuroComb 2021. Cham: Birkhäuser / Springer, 2021 - (Nešetřil, J.; Perarnau, G.; Rué, J.; Serra, O.), s. 732-738. Trends in Mathematics, 14. ISBN 978-3-030-83822-5. ISSN 2297-0215.
[EUROCOMB 2021: The European Conference on Combinatorics, Graph Theory and Applications. Barcelona / Online (ES), 06.09.2021-10.09.2021]
Institucionální podpora: RVO:67985807
Klíčová slova: Graph theory * Betweenness centrality * Betweenness uniform
Obor OECD: Pure mathematics
http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-83823-2_117
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0321853 - 8.0543158 - MÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Doležal, Martin - Hladký, Jan - Kolář, Jan - Mitsis, T. - Pelekis, Christos - Vlasák, V.
A Turán-type theorem for large-distance graphs in Euclidean spaces, and related isodiametric problems.
Discrete & Computational Geometry. Roč. 66, č. 1 (2021), s. 281-300. ISSN 0179-5376. E-ISSN 1432-0444
Grant CEP: GA ČR(CZ) GJ18-01472Y; GA ČR(CZ) GA17-27844S
Institucionální podpora: RVO:67985840
Klíčová slova: extremal graph theory * geometric graphs
Obor OECD: Pure mathematics
Impakt faktor: 0.639, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1007/s00454-020-00183-2
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0320435Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup Dolezal1.pdf 4 407.8 KB Vydavatelský postprint vyžádat - 9.0539966 - MÚ 2021 RIV eng U - Uspořádání akce
Dvořák, Z. - Hladký, Jan
Prague Summer School on Discrete Mathematics 2020.
[Prague, 24.08.2020-28.08.2020, (W-WRD 70/66)]
Institucionální podpora: RVO:67985840
Klíčová slova: topology * theoretical computer science * graph theory
Obor OECD: Pure mathematics
http://pssdm.math.cas.cz/2020
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0317649 - 10.0536757 - ÚI 2021 RIV CZ eng L4 - Software
Hlinka, Jaroslav - Jajcay, Lucia - Bučková, Barbora - Jiříček, Stanislav - Kořenek, Jakub - Pidnebesna, Anna - Tomeček, David
Library of Software Modules for Modelling and Analysis of Complex Systems.
Interní kód: Cocoabox ; 2020
Technické parametry: Knihovna funkcí pro modelování a analýzu složitých systémů, psaná v jazyce MATLAB (doporučená verze pro spuštění: 2020b). Analýzu lze provádět v uživatelském rozhraní aplikace Cocoabox nebo využitím pouze vybraných, relevantních funkcí ve vlastních analýzách. Uživatelské rozhraní momentálně umožňuje předzpracování a redukci dimenze dat, výpočet konektivních matic, statistickou inferenci, grafovou analýzu a vizualizaci výsledků jednotlivých analýz, vše s možností volby různých metod a parametrů. Detailnější návod k aplikaci je dostupný na její úložišti, v README.md. Licencováno GNU Affero General Public License v3.0.
Ekonomické parametry: Mnoho oblastí průmyslu závisí na extrakci užitečných informací z datasetů získaných pozorováním vysoce komplexních systémů - od internetu po energetické sítě. Analytická softwarová knihovna Cocoabox je efektivní nástroj pro datovou analýzu takových složitých systémů. Kombinuje pokročilou analýzu časových řad, včetně odhadu vzorců závislosti a kauzality, s aplikací teorie informace pro kvantifikaci informačních toků a komplexní síťovou analýzu struktury systémů. Většinu z těchto úkolů lze provádět samostatně pomocí obecných nástrojů. Cocoabox však umožňuje jejich provádění za použití jednoho, víceúčelového, uživatelsky přívětivého softwarového nástroje a usnadňuje tak analýzu kombinující zmiňované přístupy. Další výhodou tohoto nástroje je jeho modulárnost. Přidáním nových - nebo parametrizací stávajících - modulů ho lze jednoduše přizpůsobit pro potřeby řady konkrétních úloh, což může představovat významnou přidanou hodnotou pro potenciální průmyslové partnery.
Grant CEP: GA TA ČR(CZ) TN01000024
Institucionální podpora: RVO:67985807
Klíčová slova: complex systems * connectivity * graph theory * statistical testing * machine learning
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://github.com/cobragroup/cocoabox
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0314474