Výsledky vyhledávání
- 1.0582928 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pecina, Adam - Fanfrlík, Jindřich - Lepšík, Martin - Řezáč, Jan
SQM2.20: Semiempirical quantum-mechanical scoring function yields DFT-quality protein-ligand binding affinity predictions in minutes.
Nature Communications. Roč. 15, February (2024), č. článku 1127. E-ISSN 2041-1723
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: NDDO approximations * free-energies * docking
Impakt faktor: 16.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41467-024-45431-8
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0350971
Vědecká data: ZENODO - 2.0575698 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Lončarić, Doroteja - Movahedifar, F. - Štoček, Jakub Radek - Dračínský, Martin - Cvačka, Josef - Guan, S. - Bythell, B. J. - Císařová, I. - Masson, E. - Kaleta, Jiří
Solvent-controlled formation of alkali and alkali-earth-secured cucurbituril/guest trimers.
Chemical Science. Roč. 14, č. 35 (2023), s. 9258-9266. ISSN 2041-6520. E-ISSN 2041-6539
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-13745S; GA MŠMT(CZ) LTAUSA19120
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: solvation free-energies * crystal structures * model
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 8.4, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1039/D3SC02032K
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0345437 - 3.0571449 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kontkanen, O. V. - Biriukov, Denys - Futera, Z.
Applicability of perturbed matrix method for charge transfer studies at bio/metallic interfaces: a case of azurin.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 25, č. 17 (2023), s. 12479-12489. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: biological electron transfer * density functional theory * reorganization free energies
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.3, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1039/D3CP00197K
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0342666 - 4.0570656 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Schrenková, Věra - Para Kkadan, Mohammed Siddhique - Kessler, Jiří - Kapitán, J. - Bouř, Petr
Molecular dynamics and Raman optical activity spectra reveal nucleotide conformation ratios in solution.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 25, č. 11 (2023), s. 8198-8208. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-04669S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: vibrational circular dichroism * nucleic acids * free energies
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.3, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1039/D2CP05756E
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0341979 - 5.0568172 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Tomaník, L. - Rulíšek, Lubomír - Slavíček, P.
Redox Potentials with COSMO-RS: Systematic Benchmarking with Different Databases.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 19, č. 3 (2023), s. 1014-1022. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: solvation free energies * computational electrochemistry * reduction potentials
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.5, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c00919
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0339508 - 6.0557969 - BTÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Kumar, G. - Moustafa, M. - Sahoo, A. - Malý, Petr - Bharadwaj, Shiv
Computational Investigations on the Natural Small Molecule as an Inhibitor of Programmed Death Ligand 1 for Cancer Immunotherapy.
Life. Roč. 12, č. 5 (2022), č. článku 659. E-ISSN 2075-1729
Grant CEP: GA MZd(CZ) NU21-03-00372
Institucionální podpora: RVO:86652036
Klíčová slova: BINDING FREE-ENERGIES * MM-PBSA * PROTEIN * DOCKING
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2075-1729/12/5/659
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0331938 - 7.0501585 - ÚOCHB 2020 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kříž, Kristian - Řezáč, Jan
Reparametrization of the COSMO Solvent Model for Semiempirical Methods PM6 and PM7.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 59, č. 1 (2019), s. 229-235. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GJ16-11321Y; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: solvation free energies * electronic structure * NDDO approximations
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 4.549, rok: 2019
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.8b00681
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0296379 - 8.0425319 - ÚOCHB 2014 JP eng A - Abstrakt
Gutten, Ondrej - Rulíšek, Lubomír
Predicting Free Energies of Complexation of Transition Metal-Ions with Small Ligands from the First Principles.
5th JCS International Symposium on Theoretical Chemistry. Kyoto: -, 2013. PIIa15.
[JCS International Symposium on Theoretical Chemistry /5./. 02.12.2013-06.12.2013, Nara]
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: metal ions * free energies
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0231220