Výsledky vyhledávání
- 1.0583120 - BC 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Lisnerová, Martina - Holzer, Astrid S. - Blabolil, Petr - Fiala, Ivan
Evaluation and optimization of an eDNA metabarcoding assay for detection of freshwater myxozoan communities.
Environmental DNA. Roč. 5, č. 2 (2023), s. 312-325. E-ISSN 2637-4943
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-28399X; GA MZe(CZ) QK1920011
Grant ostatní: AV ČR(CZ) MSM200961901
Program: Program na podporu mezinárodní spolupráce začínajících výzkumných pracovníků
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: comparative diversity * environmental DNA * eutrophic * fish parasites * phylogeny * sediment
Obor OECD: Ecology
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/edn3.380
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0351113 - 2.0576721 - MBÚ 2025 GB eng J - Článek v odborném periodiku
Hakimzadeh, A. - Abdala Asbun, A. - Albanese, D. - Bernard, M. - Buchner, D. - Callahan, B. - Caporaso, J. G. - Curd, E. - Djemiel, C. - Brandstrom Durling, M. - Elbrecht, V. - Gold, Z. - Gweon, H. S. - Hajibabaei, M. - Hildebrand, F. - Mikryukov, V. - Normandeau, E. - Ozkurt, E. - M. Palmer, J. - Pascal, G. - Porter, T. M. - Straub, D. - Vasar, M. - Větrovský, Tomáš - Zafeiropoulos, H. - Anslan, S.
A pile of pipelines: An overview of the bioinformatics software for metabarcoding data analyses.
Molecular Ecology Resources. (2023). ISSN 1755-098X. E-ISSN 1755-0998
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-17749S
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: amplicon data analysis * bioinformatics * environmental DNA * metabarcoding * pipeline * review
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 7.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13847
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0346151 - 3.0573913 - ÚVGZ 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Ferrin, M. - Penuelas, J. - Gargallo-Garriga, Albert - Iribarren, P.A. - Janssens, I. A. - Maranon Jimenez, S. - Murienne, J. - Richter, A. - Sigurdsson, B.D. - Peguero, G.
Responses of soil hexapod communities to warming are mediated by microbial carbon and nitrogen in a subarctic grassland.
European Journal of Soil Biology. Roč. 117, JUL-AUG (2023), č. článku 103513. ISSN 1164-5563. E-ISSN 1778-3615
Výzkumná infrastruktura: CzeCOS IV - 90248
Institucionální podpora: RVO:86652079
Klíčová slova: Climate change * Environmental DNA * Metabarcoding * Microbial communities * Community composition * DOC * DON
Obor OECD: Ecology
Impakt faktor: 4.2, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1164556323000493?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0344292Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 1-s2.0-S1164556323000493-main.pdf 4 2.3 MB Vydavatelský postprint povolen - 4.0572140 - BÚ 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Vasar, M. - Davison, J. - Moora, M. - Sepp, S. - Anslan, S. - Al-Quraishy, S. - Bahram, M. - Bueno, C. G. - Cantero, J. J. - Fabiano, E. C. - Decocq, G. - Drenkhan, T. - Fraser, L. - Oja, J. - Garibay-Orijel, R. - Hiiesalu, I. - Koorem, K. - Mucina, L. - Öpik, M. - Pölme, S. - Pärtel, M. - Phosri, C. - Semchenko, M. - Vahter, T. - Doležal, Jiří - Vasco-Palacios, A. M. - Tedersoo, L. - Zobel, M.
Metabarcoding of soil environmental DNA to estimate plant diversity globally.
Frontiers in Plant Science. Roč. 14, APR 18 2023 (2023), č. článku 1106617. ISSN 1664-462X. E-ISSN 1664-462X
Institucionální podpora: RVO:67985939
Klíčová slova: Metabarcoding * soil environmental DNA * plant diversity globally
Obor OECD: Plant sciences, botany
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1106617
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0346066 - 5.0559607 - BC 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Golpour, Amin Dehsari - Šmejkal, Marek - Čech, Martin - dos Santos, Romulo Acacio - Souza, Allan T. - Jůza, Tomáš - Martínez, Carlos - Bartoň, Daniel - Vašek, Mojmír - Draštík, Vladislav - Kolařík, Tomáš - Kočvara, Luboš - Říha, Milan - Peterka, Jiří - Blabolil, Petr
Similarities and differences in fish community composition accessed by electrofishing, gill netting, seining, trawling, and water eDNA metabarcoding in temperate reservoirs.
Frontiers in Ecology and Evolution. Roč. 10, Jul (2022), č. článku 913279. ISSN 2296-701X. E-ISSN 2296-701X
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: biomonitoring * environmental DNA * reservoir * sampling method * species detection
Obor OECD: Ecology
Impakt faktor: 3, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3389/fevo.2022.913279
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340376 - 6.0552934 - BC 2022 RIV CZ cze J - Článek v odborném periodiku
Blabolil, Petr
Informace z DNA a eDNA zajímají celý svět.
[DNA and eDNA information are interesting for the whole world.]
Vodní hospodářství. Apr, č. 4 (2021), s. 24-26. ISSN 1211-0760
Grant CEP: GA MZe(CZ) QK1920011
Grant ostatní: AV ČR(CZ) StrategieAV21/21
Program: StrategieAV
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: conference * noninvasive monitoring * environmental DNA
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.vodnihospodarstvi.cz/ArchivPDF/vh2021/vh_04-2021.pdf
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0328059 - 7.0552714 - BC 2022 RIV CZ cze Z - Poloprovoz, ověřená technologie, odrůda/plemeno
Blabolil, Petr - Hänfling, B. - Harper, L.R. - Sellers, G. - Di Muri, C. - Griffiths, N.P. - Santos, Romulo Dos - Knežević-Jarić, Jelena - Jůza, Tomáš - Vašek, Mojmír - Čech, Martin - Muška, Milan - Fiala, Ivan - Lisnerová, Martina - Peterka, Jiří
Vzorkování volné genetické informace (eDNA) z vody.
[Sampling of free genetic information (eDNA) from water.]
Interní kód: QK1920011-V16 ; 2021
Technické parametry: Subjekt: Povodí Vltavy, státní podnik Holečkova 3178/8 Praha 5 150 00 IČO: 70889953 Datum uzavření smlouvy: V Praze dne 10. listopadu 2021
Ekonomické parametry: Vyčíslení nákladů na zpracování vzorků závisí především na vybavenosti pracoviště. Vzhledem k vysoké citlivosti metody je nezbytné vyčlenit zvláštní místnosti pro jednotlivé kroky zpracování. Jednotlivé laboratoře musí být odděleny, čímž vzniká potřeba vybavení každé z nich. Na druhou stranu jsou používané přístroje běžným vybavením a jejich jednorázová pořizovací cena je v řádu tisíců až desetitisíců korun. Nejnákladnějším zařízením je sekvenátor, který většinou vlastní pouze specializované laboratoře, častěji je sekvenace objednávána formou služby. Rovněž bioinformatické zpracování vyžaduje výkonnou výpočetní techniku, což je ale stále dostupnější položka. Cena za zpracovaný vzorek se pohybuje od stokorun do jednotek tisíců. Vysoká citlivost této technologie odhalila přítomnost i velmi vzácných druhů ve studovaných vodních útvarech. Jejím začlenění do odlovného schématu dojde ke snížení lovného úsilí u tradičních technologií a tím i poklesu celkových nákladů na ichtyologické průzkumy.
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: noninvasive monitoring * species detection * environmental DNA
Obor OECD: Ecology
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0329674 - 8.0551524 - BC 2023 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Ritterbusch, D. - Blabolil, Petr - Breine, J. - Erös, T. - Mehner, T. - Olin, M. - Peirson, G. - Volta, P. - Poikane, S.
European fish-based assessment reveals high diversity of systems for determining ecological status of lakes.
Science of the Total Environment. Roč. 802, Jan (2022), č. článku 149620. ISSN 0048-9697. E-ISSN 1879-1026
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_025/0007417
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: charr salvelinus-alpinus * eel anguilla-anguilla * fresh-water fishes * long-term data * environmental dna * species richness * biotic integrity * productivity gradient * relative abundances * greater-than-50 ha * Ecological indicators * Eutrophication * Sampling methods * Pressure-response
Obor OECD: Ecology
Impakt faktor: 9.8, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.149620
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340316 - 9.0549069 - BC 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Alama-Bermejo, Gema - Holzer, Astrid S.
Review Advances and Discoveries in Myxozoan Genomics.
Trends in Parasitology. Roč. 37, č. 6 (2021), s. 552-568. ISSN 1471-4922. E-ISSN 1471-5007
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-28399X
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: proliferative kidney-disease * environmental dna * myxobolus-cerebralis * cnidarian parasite * diversity * protease * identification * fish * classification * buddenbrockia
Obor OECD: Marine biology, freshwater biology, limnology
Impakt faktor: 10.528, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1471492221000131?via%3Dihub
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0325095 - 10.0547934 - MBÚ 2022 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Paskerova, G.G. - Miroliubova, T. S. - Valigurová, A. - Janouškovec, Jan - Kováčiková, M. - Diakin, A. - Sokolova, Y. Y. - V. Mikhailov, K. V. - Aleoshin, V.V. - Simdyanov, T. G.
Evidence from the resurrected family Polyrhabdinidae Kamm, 1922 (Apicomplexa: Gregarinomorpha) supports the epimerite, an attachment organelle, as a major eugregarine innovation.
PeerJ. Roč. 9, SEP 16 2021 (2021), č. článku e11912. ISSN 2167-8359. E-ISSN 2167-8359
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: Eugregarinida * Intestinal parasites * Marine gregarines * Ultrastructure * SSU and LSU rDNA * Host-parasite relationships * Environmental DNA sequences * Phylogeny * Taxonomy
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 3.061, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://peerj.com/articles/11912/#
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0324087