Výsledky vyhledávání
- 1.0579452 - ÚMG 2024 RIV CZ eng L4 - Software
Michálik, Juraj - Štěpánek, Ondřej
IDEIS – identification of isoforms.
Interní kód: IDEIS01 ; 2023
Technické parametry: IDEIS je soubor skriptů napsán v jazyce Python a R. Je určen pro single-cell RNA data genové exprese získaných sekvenací knihoven generovaných za pomoci 10X Chromium Single Cell 5’ Kitů. Ze seznamu exonů a pravidel na konstrukci umelých “transkriptů” skripty vyhotoví co nejvhodnejší “transkriptom” pro určení isoforem CD45/PTPRC, na který jsou pak mapovány ready za využití externího programu Salmon Alevin. Data jsou pak zpracovány v R pro co nejsnadnější manipulaci pri dalších analýzách. Tento software umožňuje analýzu isoforem bez nutnosti další úpravy experimentu. Licence bude poskytnuta formou CC-BY-4.0. E-mail: juraj.michalik@img.cas.cz
Ekonomické parametry: Úspora nákladů na sekvenačním kitu a protilátkach v hodnotě 20 000 Kč na experiment. Úspora času při přípravě označování buněk protilátkami během přípravy single-cell experimentů nevyžadujících jiné protilátky a jejich následné analýzy v hodnotě cca. 20 človekohodin na experiment.
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: Ptprc * CD45 * isoforms * scRNAseq * 10X * 5’ Libraries
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
https://github.com/Lab-of-Adaptive-Immunity/IDEIS
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0348256 - 2.0554918 - ÚMG 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Králová, Jarmila - Pavliuchenko, Nataliia - Fabišik, Matěj - Ilievová, Kristýna - Špoutil, František - Procházka, Jan - Pokorná, Jana - Sedláček, Radislav - Brdička, Tomáš
The receptor-type protein tyrosine phosphatase CD45promotes onset and severity of IL-1 beta-mediated autoinflammatory osteomyelitis.
Journal of Biological Chemistry. Roč. 297, č. 4 (2021), č. článku 101131. ISSN 0021-9258. E-ISSN 1083-351X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA17-07155S; GA ČR GA19-05076S; GA MŠMT(CZ) LM2018126; GA MŠMT ED2.1.00/19.0395; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109; GA MŠMT EF16_013/0001789; GA MŠMT EF18_046/0015861
Výzkumná infrastruktura: CCP II - 90126
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: nlrp3 inflammasome * signaling pathways * kinase p50(csk) * b-cell * cd45 * macrophages * activation * secretion * mutation * disease
Obor OECD: Developmental biology
Impakt faktor: 5.485, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0021925821009327
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0329538 - 3.0107973 - MBU-M 20040179 RIV CA eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Tlaskalová, Helena - Štěpánková, Renata - Powrie, F. - Tučková, Ludmila - Sokol, Dan - Rossmann, Pavel - Hudcovic, Tomáš - Kozáková, Hana - Řeháková, Zuzana
Qualitative and Quantitative Aspects of the Interaction of Gut Microflora with Mucosal Immune System Leading to Intestinal Inflammation.
[Kvantitativní a kvalitativní aspekty interakce střevní mikroflory se slizničním imunitním systémem vedoucí ke střevním zánětům.]
International Congress of Immunology /12./. Montréal, 2004, s. 89.
[International Congress of Immunology /12./. Montréal (CA), 18.07.2004-23.07.2004]
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z5020903
Klíčová slova: cd45 * scid
Kód oboru RIV: EE - Mikrobiologie, virologie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0015113 - 4.0082334 - ÚMG 2007 RIV CZ cze L - Prototyp, funkční vzorek
Hořejší, Václav
Myší hybridomová linie produkující monoklonální protilátku rozpoznávající lidský leukocytární diferenciační antigen CD45.
[Mouse hybridoma cell line producing monoclonal antibody that recognizes human leukocyte differentiation antigen CD45.]
Interní kód: MEM-28 ; 2003
Technické parametry: Myší hybridomová buněčná linie produkující monoklonální protilátku MEM-28, rozpoznávající lidský leukocytární diferenciační antigen CD45
Ekonomické parametry: Licenční poplatek 25 tis. Kč za buněčnou linii.
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z5052915
Klíčová slova: hybridoma * monoclonal antibody * CD45
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0145923