Výsledky vyhledávání
- 1.0574517 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Voegele, J. - Duchardt-Ferner, E. - Kruse, Holger - Zhang, Zhengyue - Šponer, Jiří - Krepl, Miroslav - Woehnert, J.
Structural and dynamic effects of pseudouridine modifications on noncanonical interactions in RNA.
RNA. Roč. 29, č. 6 (2023), s. 790-807. ISSN 1355-8382. E-ISSN 1469-9001
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: pseudouridine * RNA structure * U-turn * U base pair * nmr * MD simulations
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.5, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://rnajournal.cshlp.org/content/29/6/790
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0350076 - 2.0541887 - BFÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zhang, Z. - Vogele, J. - Mráziková, Klaudia - Kruse, Holger - Cang, X. - Woehnert, J. - Krepl, Miroslav - Šponer, Jiří
Phosphorothioate Substitutions in RNA Structure Studied by Molecular Dynamics Simulations, QM/MM Calculations, and NMR Experiments.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 125, č. 3 (2021), s. 825-840. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: RNA Structure * Molecular Dynamics Simulations * QM/MM Calculations * NMR Experiments
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.466, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.0c10192
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0319383 - 3.0511789 - BFÚ 2020 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Suddala, K.C. - Price, I.R. - Dandpat, S.S. - Janeček, Michal - Kührová, P. - Šponer, Jiří - Banáš, Pavel - Ke, A. - Walter, N.G.
Local-to-global signal transduction at the core of a Mn2+ sensing riboswitch.
Nature Communications. Roč. 10, SEP 20 2019 (2019), č. článku 4304. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics * eubacteria sense * rna structure * single
Obor OECD: Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
Impakt faktor: 12.121, rok: 2019
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41467-019-12230-5.pdf
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0302037 - 4.0373421 - BFÚ 2012 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Banáš, P. - Walter, N.G. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Protonation states of the key active site residues and structural dynamics of the glmS riboswitch as revealed by molecular dynamics.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 26 (2010), s. 8701-8712. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA MŠMT(CZ) GD203/09/H046
Klíčová slova: riboswitch * ribozyme * RNA structure * molecular dynamics simulations
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006883 - 5.0347709 - BFÚ 2011 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Banáš, P. - Walter, N.G. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Protonation states of the key active site residues and structural dynamics of the glmS riboswitch as revealed by molecular dynamics.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 114, č. 26 (2010), s. 8701-8712. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06030; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA MŠMT(CZ) GD203/09/H046; GA AV ČR(CZ) IAA400040802; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581
Grant ostatní: GA MŠk(CZ) LC512
Program: LC
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702
Klíčová slova: riboswitch * ribozyme * RNA structure * molecular dynamics simulations
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 3.603, rok: 2010
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0006029