Výsledky vyhledávání
- 1.0579787 - MBÚ 2024 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Cupellini, L. - Qian, P. - Nguyen-Phan, T. C. - Gardiner, Alastair T. - Cogdell, R. J.
Quantum chemical elucidation of a sevenfold symmetric bacterial antenna complex.
Photosynthesis Research. Roč. 156, June 8 (2022), s. 75-87. ISSN 0166-8595. E-ISSN 1573-5079
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: light-harvesting complex * bacteriochlorophyll energy-transfer * lh2 complexes * rhodopseudomonas-acidophila * optical-spectra * purple bacteria * spectroscopy * excitation * state * qm/mm * Light-harvesting * Pigment-protein complex * Quantum chemistry * Molecular dynamics * qm * mm * Excitons
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 3.7, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://link.springer.com/article/10.1007/s11120-022-00925-8
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0348582 - 2.0570899 - FZÚ 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Movahedi, E. - Razmazma, H. - Rezvani, A.R. - Nowroozi, A. - Ebrahimi, A. - Eigner, Václav - Dušek, Michal - Arjmand, F.
A novel Cu(II)-based DNA-intercalating agent: Structural and biological insights using biophysical and in silico techniques.
Spectrochimica Acta Part A-Molecular and Biomolecular Spectroscopy. Roč. 293, May (2023), č. článku 122438. ISSN 1386-1425. E-ISSN 1873-3557
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-10504S; GA MŠMT LM2018110
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: Copper(II) complex * DNA binding profile * cytotoxicity * DFT * QM/MM * molecular docking simulations
Obor OECD: Condensed matter physics (including formerly solid state physics, supercond.)
Impakt faktor: 4.4, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.saa.2023.122438
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0342230 - 3.0564414 - FZÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Lowe, B. - Hellerstedt, J. - Matěj, Adam - Mutombo, Pingo - Kumar, D. - Ondráček, Martin - Jelínek, Pavel - Schiffrin, A.
Selective activation of aromatic C−H bonds catalyzed by single gold atoms at room temperature.
Journal of the American Chemical Society. Roč. 144, č. 46 (2022), s. 21389-21397. ISSN 0002-7863. E-ISSN 1520-5126
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-13692X
Grant ostatní: AV ČR(CZ) AP1601
Program: Akademická prémie - Praemium Academiae
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: nc-AFM * on surface chemistry * QM/MM * DFT
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 15, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/jacs.2c10154
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0336086 - 4.0558665 - MBÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Surpeta, B. - Grulich, Michal - Palyzová, Andrea - Marešová, Helena - Brezovský, J.
Common Dynamic Determinants Govern Quorum Quenching Activity in N-Terminal Serine Hydrolases.
ACS Catalysis. Roč. 12, č. 11 (2022), s. 6359-6374. ISSN 2155-5435. E-ISSN 2155-5435
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: penicillin-g acylase * homoserine-lactone-acylase * antibiotic-resistance * molecular-dynamics * substrate-binding * qm/mm calculations * specificity * health * site * perspectives * quorum quenching * N-terminal serine hydrolase * acyl-homoserine lactone acylase * penicillin G acylase * qm * mm * molecular dynamics * reaction mechanism
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 12.9, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscatal.2c00569
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0332427 - 5.0541887 - BFÚ 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zhang, Z. - Vogele, J. - Mráziková, Klaudia - Kruse, Holger - Cang, X. - Woehnert, J. - Krepl, Miroslav - Šponer, Jiří
Phosphorothioate Substitutions in RNA Structure Studied by Molecular Dynamics Simulations, QM/MM Calculations, and NMR Experiments.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 125, č. 3 (2021), s. 825-840. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: RNA Structure * Molecular Dynamics Simulations * QM/MM Calculations * NMR Experiments
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.466, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.0c10192
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0319383 - 6.0541319 - ÚOCHB 2022 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vavřina, Zdeněk - Gutten, Ondrej - Smola, Miroslav - Zavřel, Martin - Tehrani, Zahra Aliakbar - Charvát, Vilém - Kožíšek, Milan - Bouřa, Evžen - Birkuš, Gabriel - Rulíšek, Lubomír
Protein-Ligand Interactions in the STING Binding Site Probed by Rationally Designed Single-Point Mutations: Experiment and Theory.
Biochemistry. Roč. 60, č. 8 (2021), s. 607-620. ISSN 0006-2960
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-08772S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ligand-binding * STING protein * structural biology * QM/MM calculations
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.321, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.biochem.0c00949
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0318895 - 7.0524689 - ÚFCH JH 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Bím, Daniel - Chalupský, J. - Culka, M. - Solomon, E. I. - Rulíšek, L. - Srnec, Martin
Proton–Electron Transfer to the Active Site Is Essential for the Reaction Mechanism of Soluble Δ9-Desaturase.
Journal of the American Chemical Society. Roč. 142, č. 23 (2020), s. 10412-10423. ISSN 0002-7863. E-ISSN 1520-5126
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-13093S; GA MŠMT(CZ) LTAUSA19148
Institucionální podpora: RVO:61388955
Klíčová slova: Peptides and proteins * Reaction mechanisms * QM/MM
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 15.419, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0312693Název souboru Staženo Velikost Komentář Verze Přístup 0524689.pdf 1 3 MB Vydavatelský postprint vyžádat 0524689preprint.pdf 1 2.8 MB Autorský postprint povolen - 8.0523810 - ÚOCHB 2021 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šebesta, F. - Šebera, Jakub - Sychrovský, Vladimír - Tanaka, Y. - Burda, J. V.
QM and QM/MM umbrella sampling MD study of the formation of Hg(II)–thymine bond: Model for evaluation of the reaction energy profiles in solutions with constant pH.
Journal of Computational Chemistry. Roč. 41, č. 16 (2020), s. 1509-1520. ISSN 0192-8651. E-ISSN 1096-987X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-14990S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ab initio molecular dynamics (MD) simulations * metal–NA base interactions * QM/MM calculations * thermodynamics
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.376, rok: 2020
Způsob publikování: Omezený přístup
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jcc.26194
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0308102 - 9.0476445 - ÚOCHB 2018 CZ eng A - Abstrakt
Šebera, Jakub - Tanaka, Y. - Kojima, C. - Hattori, Y. - Řeha, David - Nencka, Radim - Fukal, Jiří - Sychrovský, Vladimír
The mechanism of the glycosylase reaction with hOGG1: concerted effect of Lys249 and Asp268 during excision of oxoG.
7th Visegrad Symposium on Structural Systems Biology. Nové Hrady: Institute of Microbiology, 2017.
[Visegrad Symposium on Structural Systems Biology /7./. 21.06.2017-24.06.2017, Nové Hrady]
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: QM/MM * NMR * hOGG1 * enzymatic catalysis
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0272944 - 10.0476441 - ÚOCHB 2018 CZ eng A - Abstrakt
Šebera, Jakub - Tanaka, Y. - Kojima, C. - Hattori, Y. - Řeha, David - Nencka, Radim - Fukal, Jiří - Sychrovský, Vladimír
The excision of OxoG base with hOGG1 BER enzyme; towards validation of the catalytic pathway.
7th Visegrad Symposium on Structural Systems Biology. Nové Hrady: Institute of Microbiology, 2017.
[Visegrad Symposium on Structural Systems Biology /7./. 21.06.2017-24.06.2017, Nové Hrady]
Grant CEP: GA ČR GA13-27676S
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: QM/MM * NMR * hOGG1 * enzymatic catalysis
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0272941