Výsledky vyhledávání
- 1.0582943 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Thakur, G. C. N. - Uday, A. - Cebecauer, M. - Roos, W. H. - Cwiklik, Lukasz - Hof, M. - Jurkiewicz, P. - Melcrová, A.
Charge of a transmembrane peptide alters its interaction with lipid membranes.
Colloids and Surfaces B-Biointerfaces. Roč. 235, March (2024), č. článku 113765. ISSN 0927-7765. E-ISSN 1873-4367
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-26854X
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Integral membrane protein * FRET-GP * AFM imaging * AFM nanoindentation * MD simulation
Impakt faktor: 5.8, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.colsurfb.2024.113765
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0350989 - 2.0579997 - ÚFP 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Karlusic, M. - Rymzhanov, R. A. - O'Connell, J. H. - Bröckers, L. - Luketic, K.T. - Siketić, Z. - Fazinic, S. - Dubček, P. - Jakšic, M. - Provatas, G. - Medvedev, Nikita - Volkov, A.E. - Schleberger, M.
Mechanisms of surface nanostructuring of Al2O3 and MgO by grazing incidence irradiation with swift heavy ions.
Surfaces and Interfaces. Roč. 27, December (2021), č. článku 101508. ISSN 2468-0230. E-ISSN 2468-0230
Grant CEP: GA MŠMT LTT17015; GA MŠMT(CZ) LM2015083
Institucionální podpora: RVO:61389021
Klíčová slova: Atomic force microscopy * Ion irradiation * Irradiation effects * Md simulation * Swift heavy ion
Obor OECD: Fluids and plasma physics (including surface physics)
Impakt faktor: 6.137, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S246802302100585X?via%3Dihub
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0348786 - 3.0578992 - MBÚ 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Kulik, Natalia - Kale, Deepika - Spurná, Karin - Shamayeva, Katsiaryna - Hauser, F. - Milic, S. - Janout, H. - Zayats, Vasilina - Jacak, J. - Ludwig, Jost
Dimerisation of the Yeast K+Translocation Protein Trk1 Depends on the K+Concentration.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 24, č. 1 (2023), č. článku 398. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA16-19221S; GA MŠMT(CZ) LM2015055; GA MŠMT(CZ) 8J22AT012
Institucionální podpora: RVO:61388971
Klíčová slova: affinity potassium-transport * saccharomyces-cerevisiae * crystal-structure * membrane-protein * gene disruption * channel * strains * network * encodes * systems * K+ translocation * Saccharomyces cerevisiae * bimolecular fluorescence complementation * dimerisation * molecular modelling * MD simulation
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/24/1/398
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347893 - 4.0578820 - ÚOCHB 2024 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Sabt, A. - Abdelraof, M. - Hamissa, Mohamed Farouk - Noamaan, M. A.
Antibacterial Activity of Quinoline-Based Derivatives against Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa: Design, Synthesis, DFT and Molecular Dynamic Simulations.
Chemistry & Biodiversity. Roč. 20, č. 11 (2023), č. článku e202300804. ISSN 1612-1872. E-ISSN 1612-1880
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: quinoline derivatives * methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) * Pseudomonas aeruginosa * molecular docking * DFT * molecular dynamics simulation (MD)
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 2.9, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1002/cbdv.202300804
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347728 - 5.0578251 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Saija, M. C. - Melcrová, A. - Pajerski, W. - Schachter, Itay - Javanainen, Matti - Cebecauer, M. - Cwiklik, Lukasz
Palmitoylation modifies transmembrane adaptor protein PAG for ordered lipid environment: A molecular dynamics simulation study.
Biophysical Chemistry. Roč. 304, January (2024), č. článku 107124. ISSN 0301-4622. E-ISSN 1873-4200
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-26854X
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: PAG * membranes * palmitoylation * lipid membrane phases * MD simulations
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 3.8, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.bpc.2023.107124
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0347277 - 6.0575728 - ÚT 2024 IT eng A - Abstrakt
Aminian, Ali - Vinš, Václav
MD simulations and excess entropy scaling for the transport properties of dense HFEs.
22nd EUROPEAN CONFERENCE ON THERMOPHYSICAL PROPERTIES. Venice, 2023. s. 168-168. ISBN 9791221042207.
[European Conference on Thermophysical Properties /22./. 10.09.2023-13.09.2023, Venice]
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-03380S
Institucionální podpora: RVO:61388998
Klíčová slova: transport properties * refrigerants * MD simulations * excess entropy scaling
Obor OECD: Thermodynamics
https://www.ectp2023.eu/book-of-abstracts
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0349489 - 7.0574517 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Voegele, J. - Duchardt-Ferner, E. - Kruse, Holger - Zhang, Zhengyue - Šponer, Jiří - Krepl, Miroslav - Woehnert, J.
Structural and dynamic effects of pseudouridine modifications on noncanonical interactions in RNA.
RNA. Roč. 29, č. 6 (2023), s. 790-807. ISSN 1355-8382. E-ISSN 1469-9001
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: pseudouridine * RNA structure * U-turn * U base pair * nmr * MD simulations
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.5, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://rnajournal.cshlp.org/content/29/6/790
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0350076 - 8.0569260 - BFÚ 2023 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Paloncyova, M. - Pykal, M. - Kührová, P. - Banáš, P. - Šponer, Jiří - Otyepka, M.
Computer Aided Development of Nucleic Acid Applications in Nanotechnologies.
Small. Roč. 18, č. 49 (2022). ISSN 1613-6810. E-ISSN 1613-6829
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: biosensors * force fields * lipid nanoparticles * MD simulations * nucleic acids * nucleic acid templated assemblies
Obor OECD: Coating and films
Impakt faktor: 13.3, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/smll.202204408
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0340647 - 9.0561938 - FZÚ 2023 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Karlusic, M. - Rymzhanov, R. A. - O'Connell, J. H. - Brockers, L. - Luketic, K.T. - Siketić, Z. - Fazinic, S. - Dubček, P. - Jakšic, M. - Provatas, G. - Medvedev, Nikita - Volkov, A.E. - Schleberger, M.
Mechanisms of surface nanostructuring of Al2O3 and MgO by grazing incidence irradiation with swift heavy ions.
Surfaces and Interfaces. Roč. 27, Dec (2021), č. článku 101508. ISSN 2468-0230. E-ISSN 2468-0230
Grant CEP: GA MŠMT LTT17015
GRANT EU: European Commission(XE) 654148 - LASERLAB-EUROPE
Institucionální podpora: RVO:68378271
Klíčová slova: ion irradiation * irradiation effects * swift heavy ion * atomic force microscopy * Md simulation
Obor OECD: Fluids and plasma physics (including surface physics)
Impakt faktor: 6.137, rok: 2021
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.surfin.2021.101508
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0334367 - 10.0559924 - ÚOCHB 2023 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Najgebauer, P. - Staś, M. - Wrzalik, R. - Broda, M. A. - Wieczorek, P. P. - Andrushchenko, Valery - Kupka, T.
Muscimol hydration and vibrational spectroscopy - The impact of explicit and implicit water.
Journal of Molecular Liquids. Roč. 363, October (2022), č. článku 119870. ISSN 0167-7322. E-ISSN 1873-3166
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular dynamics (MD) * muscimol * density functional theory (DFT) * tautomers * hydrogen bonds * hydration energy
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 6, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.119870
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0333046