Počet záznamů: 1
The walevet-based denoising of images in fiji, with exampleapplications in structured illumination microscopy
- 1.
SYSNO ASEP 0542949 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název The walevet-based denoising of images in fiji, with exampleapplications in structured illumination microscopy Tvůrce(i) Čapek, Martin (UMG-J)
Blažíková, Michaela (UMG-J)
Novotný, Ivan (UMG-J)
Chmelová, Helena (UMG-J)
Svoboda, D. (CZ)
Radochová, B. (CZ)
Janáček, J. (CZ)
Horváth, Ondřej (UMG-J)Celkový počet autorů 8 Zdroj.dok. Image Analysis and Stereology. - : Društvo za stereologijo in kvantitativno analizo slike - ISSN 1580-3139
Roč. 40, č. 1 (2021), s. 3-16Poč.str. 14 s. Forma vydání Online - E Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. SK - Slovensko Klíč. slova discrete wavelet transform ; Fiji plugin ; image filtration ; structured illumination microscopy Vědní obor RIV BD - Teorie informace Obor OECD Computer hardware and architecture CEP LM2018129 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy EF16_013/0001775 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy LO1419 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy Způsob publikování Omezený přístup Institucionální podpora UMG-J - RVO:68378050 UT WOS 000639563600002 DOI 10.5566/ias.2432 Anotace Filtration of super-resolved microscopic images brings often troubles with removing undesired image parts like, e.g., noise, inhomogenous background and reconstruction artifacts. Standard filtration techniques, e.g., convolution- or Fourier transform-based methods are not always appropriate, since they may lower image resolution that was acquired by hi-tech and expensive microscopy systems. Thus, in this article it is proposed to filter such images using discrete wavelet transform (DWT). Newly developed Wavelet_ Denoise plugin for free available Fiji software package demonstrates important possibilities of applying DWT to images: Decomposition of a filtered picture using various wavelet filters and levels of details with showing decomposed images and visualization of effects of back transformation of the picture with chosen level of suppression or denoising of wavelet coefficients. The Fiji framework allows, for example, using a plethora of various microscopic image formats for data opening, users can easily install the plugin through a menu command and the plugin supports processing 3D images in Z-stacks. The application of the plugin for removal of reconstruction artifacts and undesirable background in images acquired by super-resolved structured illumination microscopy is demonstrated as well. Pracoviště Ústav molekulární genetiky Kontakt Nikol Škňouřilová, nikol.sknourilova@img.cas.cz, Tel.: 241 063 217 Rok sběru 2022 Elektronická adresa https://www.ias-iss.org/ojs/IAS/article/view/2432
Počet záznamů: 1