Počet záznamů: 1  

The walevet-based denoising of images in fiji, with exampleapplications in structured illumination microscopy

  1. 1.
    SYSNO ASEP0542949
    Druh ASEPJ - Článek v odborném periodiku
    Zařazení RIVJ - Článek v odborném periodiku
    Poddruh JČlánek ve WOS
    NázevThe walevet-based denoising of images in fiji, with exampleapplications in structured illumination microscopy
    Tvůrce(i) Čapek, Martin (UMG-J)
    Blažíková, Michaela (UMG-J)
    Novotný, Ivan (UMG-J)
    Chmelová, Helena (UMG-J)
    Svoboda, D. (CZ)
    Radochová, B. (CZ)
    Janáček, J. (CZ)
    Horváth, Ondřej (UMG-J)
    Celkový počet autorů8
    Zdroj.dok.Image Analysis and Stereology. - : Društvo za stereologijo in kvantitativno analizo slike - ISSN 1580-3139
    Roč. 40, č. 1 (2021), s. 3-16
    Poč.str.14 s.
    Forma vydáníOnline - E
    Jazyk dok.eng - angličtina
    Země vyd.SK - Slovensko
    Klíč. slovadiscrete wavelet transform ; Fiji plugin ; image filtration ; structured illumination microscopy
    Vědní obor RIVBD - Teorie informace
    Obor OECDComputer hardware and architecture
    CEPLM2018129 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
    EF16_013/0001775 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
    LO1419 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
    Způsob publikováníOmezený přístup
    Institucionální podporaUMG-J - RVO:68378050
    UT WOS000639563600002
    DOI10.5566/ias.2432
    AnotaceFiltration of super-resolved microscopic images brings often troubles with removing undesired image parts like, e.g., noise, inhomogenous background and reconstruction artifacts. Standard filtration techniques, e.g., convolution- or Fourier transform-based methods are not always appropriate, since they may lower image resolution that was acquired by hi-tech and expensive microscopy systems. Thus, in this article it is proposed to filter such images using discrete wavelet transform (DWT). Newly developed Wavelet_ Denoise plugin for free available Fiji software package demonstrates important possibilities of applying DWT to images: Decomposition of a filtered picture using various wavelet filters and levels of details with showing decomposed images and visualization of effects of back transformation of the picture with chosen level of suppression or denoising of wavelet coefficients. The Fiji framework allows, for example, using a plethora of various microscopic image formats for data opening, users can easily install the plugin through a menu command and the plugin supports processing 3D images in Z-stacks. The application of the plugin for removal of reconstruction artifacts and undesirable background in images acquired by super-resolved structured illumination microscopy is demonstrated as well.
    PracovištěÚstav molekulární genetiky
    KontaktNikol Škňouřilová, nikol.sknourilova@img.cas.cz, Tel.: 241 063 217
    Rok sběru2022
    Elektronická adresahttps://www.ias-iss.org/ojs/IAS/article/view/2432
Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.