Počet záznamů: 1

Possible mechanisms responsible for absence of a retrotransposon family on a plant Y chromosome

SYSNO ASEP	0436683
Druh ASEP	J - Článek v odborném periodiku
Zařazení RIV	J - Článek v odborném periodiku
Poddruh J	Článek ve WOS
Název	Possible mechanisms responsible for absence of a retrotransposon family on a plant Y chromosome
Tvůrce(i)	Kubát, Zdeněk (BFU-R)_{RID, ORCID} Žlůvová, Jitka (BFU-R)_{RID, ORCID} Vogel, Ivan (BFU-R) Kováčová, Viera (BFU-R) Čermák, Tomáš (BFU-R) Čegan, Radim (BFU-R)_{RID, ORCID} Hobza, Roman (BFU-R)_{RID, ORCID} Vyskot, Boris (BFU-R)_{RID, ORCID} Kejnovský, Eduard (BFU-R)_{RID, ORCID}
Celkový počet autorů	9
Zdroj.dok.	New Phytologist - ISSN 0028-646X Roč. 202, č. 2 (2014), s. 662-678
Poč.str.	17 s.
Forma vydání	Tištěná - P
Jazyk dok.	eng - angličtina
Země vyd.	GB - Velká Británie
Klíč. slova	epigenetics ; genome size ; long terminal repeat
Vědní obor RIV	BO - Biofyzika
CEP	GPP501/10/P483 GA ČR - Grantová agentura ČR
	GAP501/10/0102 GA ČR - Grantová agentura ČR
	ED1.1.00/02.0068 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
	EE2.3.20.0045 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
	LO1204 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Institucionální podpora	BFU-R - RVO:68081707
UT WOS	000333060500035
DOI	10.1111/nph.12669
Anotace	Some transposable elements (TEs) show extraordinary variance in abundance along sex chromosomes but the mechanisms responsible for this variance are unknown. Here, we studied Ogre long terminal repeat (LTR) retrotransposons in Silene latifolia, a dioecious plant with evolutionarily young heteromorphic sex chromosomes. Ogre elements are ubiquitous in the S.latifolia genome but surprisingly absent on the Y chromosome. Bacterial artificial chromosome (BAC) library analysis and fluorescence in situ hybridization (FISH) were used to determine Ogre structure and chromosomal localization. Next generation sequencing (NGS) data were analysed to assess the transcription level and abundance of small RNAs. Methylation of Ogres was determined by bisulphite sequencing. Phylogenetic analysis was used to determine mobilization time and selection forces acting on Ogre elements. We characterized three Ogre families ubiquitous in the S.latifolia genome. One family is nearly absent on the Y chromosome despite all the families having similar structures and spreading mechanisms.
Pracoviště	Biofyzikální ústav
Kontakt	Jana Poláková, polakova@ibp.cz, Tel.: 541 517 244
Rok sběru	2015

Počet záznamů: 1