Počet záznamů: 1
On the reliability of the corrected semiempirical quantum chemical method (PM6-DH2) for assigning the protonation states in HIV-1 protease/inhibitor complexes
- 1.
SYSNO ASEP 0368013 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název On the reliability of the corrected semiempirical quantum chemical method (PM6-DH2) for assigning the protonation states in HIV-1 protease/inhibitor complexes Tvůrce(i) Pecina, Adam (UOCHB-X) RID, ORCID
Přenosil, Ondřej (UOCHB-X)
Fanfrlík, Jindřich (UOCHB-X) RID, ORCID
Řezáč, Jan (UOCHB-X) RID, ORCID
Granatier, Jaroslav (UOCHB-X)
Hobza, Pavel (UOCHB-X) RID, ORCID
Lepšík, Martin (UOCHB-X) RID, ORCIDCelkový počet autorů 7 Zdroj.dok. Collection of Czechoslovak Chemical Communications. - : Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. - ISSN 0010-0765
Roč. 76, č. 5 (2011), s. 457-479Poč.str. 23 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. CZ - Česká republika Klíč. slova HIV-1 protease inhibition ; protonation ; QM/MM calculations Vědní obor RIV CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie CEP LC512 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy 1M0508 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy GAP208/11/0295 GA ČR - Grantová agentura ČR CEZ AV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011) UT WOS 000290280100009 DOI 10.1135/cccc2011035 Anotace A novel computational protocol for studying protonation in protein/ligand complexes is presented. We use a QM/MM approach in which the large QM part (the ligand and the active site) are treated using the corrected semiempirical method PM6-DH2, while the MM part (the rest of the protein and the surrounding solvent) are calculated using MM/GB method. This approach is applied to two model systems, the carboxylate pairs in HIV-1 protease/inhibitor complexes. The computationally more costly DFT optimizations are performed for a smaller QM part as a check of the correctness. Proton transfer (PT) phenomena occur at both the PM6-D2 and DFT levels, which underlines the requirement for a QM approach. The barriers of PT are checked in model carboxylic acid pairs using the highly accurate MP2 and CCSD(T) values. An important result of this study is the fine-tuning of the protocol which can be used in further applications; its limitations are also shown, pointing to future developments. Pracoviště Ústav organické chemie a biochemie Kontakt asep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Viktorie Chládková, Tel.: 232 002 434 Rok sběru 2012
Počet záznamů: 1