Počet záznamů: 1
Free-Energy Simulations of Hydrogen Bonding versus Stacking of Nucleobases on a Graphene Surface
- 1.
SYSNO ASEP 0367779 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název Free-Energy Simulations of Hydrogen Bonding versus Stacking of Nucleobases on a Graphene Surface Tvůrce(i) Spiwok, V. (CZ)
Hobza, Pavel (UOCHB-X) RID, ORCID
Řezáč, Jan (UOCHB-X) RID, ORCIDCelkový počet autorů 3 Zdroj.dok. Journal of Physical Chemistry C. - : American Chemical Society - ISSN 1932-7447
Roč. 115, č. 40 (2011), s. 19455-19462Poč.str. 8 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. US - Spojené státy americké Klíč. slova nucleobases ; graphene ; stacking Vědní obor RIV CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie CEP LC512 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy CEZ AV0Z40550506 - UOCHB-X (2005-2011) UT WOS 000295546100001 DOI 10.1021/jp202491J Anotace It has been demonstrated by molecular modeling and experiments that free nucleic acid bases form hydrogen-bonded complexes in vacuum but prefer pi-pi stacking in partially and fully solvated systems. Here we show using molecular dynamics simulations and metadynamics that the addition of a surface (in this case a nanographene monolayer) reverts the situation from stacking back to hydrogen bonding. Watson-Crick as well as several non-Watson-Crick base pairs lying on a graphene surface are significantly more stable in a water environment than a pi-pi-pi stacked graphene-base-base assembly. It illustrates that the thermodynamics of nucleobase interactions results from a fine balance among hydrogen bonding, stacking, and solvation, and that these effects must be considered in molecular design. Pracoviště Ústav organické chemie a biochemie Kontakt asep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Viktorie Chládková, Tel.: 232 002 434 Rok sběru 2012
Počet záznamů: 1