Počet záznamů: 1
An RNA molecular switch: Intrinsic flexibility of 23S rRNA helices 40 and 68 5’-UAA/5’-GAN internal loops studied by molecular dynamics methods
- 1.
SYSNO ASEP 0340907 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název An RNA molecular switch: Intrinsic flexibility of 23S rRNA helices 40 and 68 5’-UAA/5’-GAN internal loops studied by molecular dynamics methods Tvůrce(i) Réblová, Kamila (BFU-R)
Střelcová, Z. (CZ)
Kulhánek, P. (CZ)
Beššeová, Ivana (BFU-R)
Mathews, D.H. (US)
Van Nostrand, K. (US)
Yildirim, I. (US)
Turner, D.H. (US)
Šponer, Jiří (BFU-R) RID, ORCIDCelkový počet autorů 9 Zdroj.dok. Journal of Chemical Theory and Computation . - : American Chemical Society - ISSN 1549-9618
Roč. 6, č. 3 (2010), s. 910-929Poč.str. 20 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. US - Spojené státy americké Klíč. slova RNA ; internal loop ; molecular dynamics Vědní obor RIV AQ - Bezpečnost a ochrana zdraví, člověk-stroj CEP 1QS500040581 GA AV ČR - Akademie věd IAA400040802 GA AV ČR - Akademie věd KJB400040901 GA AV ČR - Akademie věd CEZ AV0Z50040507 - BFU-R (2005-2011) AV0Z50040702 - BFU-R (2007-2013) UT WOS 000275189400029 DOI 10.1021/ct900440t Anotace Functional RNA molecules such as ribosomal RNAs (rRNAs) frequently contain highly conserved internal loops with a 5'-UAA/5'-GAN (UAA/GAN) consensus sequence. We performed 3.1 us of explicit solvent molecular dynamics (MD) simulations of the X-ray and NMR UAA/GAN structures, supplemented by molecular mechanics, Poisson-Boltzmann, and surface area free energy calculations; locally enhanced sampling (LES) runs; targeted MD (TMD); and nudged elastic band (NEB) analysis. We compared parm99 and parmbsc0 force fields and net-neutralizing Na+ versus excess salt KCl ion environments. Pracoviště Biofyzikální ústav Kontakt Jana Poláková, polakova@ibp.cz, Tel.: 541 517 244 Rok sběru 2010
Počet záznamů: 1