Počet záznamů: 1

Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength

SYSNO ASEP	0333332
Druh ASEP	J - Článek v odborném periodiku
Zařazení RIV	J - Článek v odborném periodiku
Poddruh J	Článek ve WOS
Název	Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength
Překlad názvu	Závislost simulací A-RNA na volbě silového pole a velikosti iontové síly
Tvůrce(i)	Beššeová, Ivana (BFU-R) Otyepka, Michal (BFU-R)_{RID, ORCID} Réblová, Kamila (BFU-R) Šponer, Jiří (BFU-R)_{RID, ORCID}
Celkový počet autorů	4
Zdroj.dok.	Physical Chemistry Chemical Physics. - : Royal Society of Chemistry - ISSN 1463-9076 Roč. 11, č. 45 (2009), s. 10701-10711
Poč.str.	11 s.
Jazyk dok.	eng - angličtina
Země vyd.	GB - Velká Británie
Klíč. slova	force fileds ; RNA ; A-form
Vědní obor RIV	BO - Biofyzika
CEP	LC06030 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
	KJB400040901 GA AV ČR - Akademie věd
	1QS500040581 GA AV ČR - Akademie věd
	IAA400040802 GA AV ČR - Akademie věd
	GD203/09/H046 GA ČR - Grantová agentura ČR
CEZ	AV0Z50040507 - BFU-R (2005-2011)
	AV0Z50040702 - BFU-R (2007-2013)
UT WOS	000271907200016
DOI	10.1039/b911169g
Anotace	We carried out an extensive molecular dynamics study on three A-RNA duplexes. Dependence of the A-RNA geometry on force fields (Parm99 and Parmbsc0) and salt strength conditions was investigated. The Parmbsc0 force field makes the A-RNA duplex more compact in comparison to the Parm99 by preventing temporary alpha/gamma t/t flips common in Parm99 simulations. The stabilization of the A-RNA helices caused by the Parmbsc0 force field includes visible reduction of the major groove width, increase of the base pair roll, larger helical inclination and small increases of twist. Therefore, the Parmbsc0 shifts the simulated duplexes more deeply into the A-form.
Pracoviště	Biofyzikální ústav
Kontakt	Jana Poláková, polakova@ibp.cz, Tel.: 541 517 244
Rok sběru	2010

Počet záznamů: 1