Počet záznamů: 1
Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)
- 1.
SYSNO ASEP 0330805 Druh ASEP C - Konferenční příspěvek (mezinárodní konf.) Zařazení RIV D - Článek ve sborníku Název Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization) Překlad názvu Detection of microorganisms in the soil using CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ hybridization) Tvůrce(i) Krištůfek, Václav (BC-A) RID
Kasalický, Vojtěch (BC-A) RID, ORCID
Chroňáková, Alica (BC-A) RID, ORCID
Elhottová, Dana (BC-A) RID, ORCID
Němec, Jan (BC-A)Zdroj.dok. Sborník příspěvků z mezinárodního semináře Život v půdě X. - České Budějovice : Ústav půdní biologie BC AV ČR, 2009 - ISBN 978-80-86525-16-7 Rozsah stran s. 92-102 Poč.str. 11 s. Forma vydání CD-ROM - CD-ROM Akce Život v půdě /10./ Datum konání 27.01.2009-28.01.2009 Místo konání České Budějovice Země CZ - Česká republika Typ akce EUR Jazyk dok. cze - čeština Země vyd. CZ - Česká republika Klíč. slova cave ; bat guano ; fluorescence microscopy Vědní obor RIV EH - Ekologie - společenstva CEP LC06066 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy GA206/08/0015 GA ČR - Grantová agentura ČR CEZ AV0Z60660521 - UPB-H, BC-A (2005-2011) AV0Z60170517 - HBU-Z, BC-A (2005-2011) Anotace Pro detekci půdních mikroorganismů byla na pracovišti Ústavu půdní biologie zavedena metoda CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization). CARD-FISH je relativně nová molekulární metoda pro zjištění podílu jednotlivých skupin mikroorganismů pomocí oligonukleotidových sond. Oproti klasické metodě FISH využívá enzymatické aktivity k zesílení signálu a tím umožňuje výrazně kvalitnější detekci mikroorganismů v půdě nebo organických substrátech. Metodou bylo poprvé sledováno složení bakteriálního společenstva datované vrstvy kupy netopýřího guána z jeskyně Domica (NP Slovenský kras). Bylo stanoveno procentické zastoupení těchto skupin mikroorganismů: bakterie (většina bakterií, Planktomycetales, Verrucomicrobiales), archaea, actinobacteria, proteobacteria, Cytophaga-Flavobacter-Bacteroidetes, sfingobacteria. Překlad anotace CARD-FISH protocol (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization) for detection of soil microbial community composition was successfully established in the Institute of Soil Biology. CARD-FISH is the relatively new molecular biology tool permitting to quantify distinct groups of microorganisms by hybridization of specific oligonucleotide probes. Compared to classic FISH-protocol the probe-attached enzyme amplifies the fluorescent signal and enables to detect nearly all microorganisms in soil or in organic compounds. As the first, we used this method to determine the bacterial community composition of a dated layer of guano-heap from Domica Cave (Slovak Carst National Park, Slovakia). We quantified the percentuel composition of Archaea, Eubacteria (Planktomycetales, Verrucomicrobiales included) and major bacterial groups (Actinobacteria, proteobacteria, Cytophaga-Flavobacter-Bacteroidetes, Sphingobacteria). Pracoviště Biologické centrum (od r. 2006) Kontakt Dana Hypšová, eje@eje.cz, Tel.: 387 775 214 Rok sběru 2010
Počet záznamů: 1