Počet záznamů: 1
The RNA-dependent association of phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate with intrinsically disordered proteins contribute to nuclear compartmentalization
- 1.
SYSNO ASEP 0604511 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název The RNA-dependent association of phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate with intrinsically disordered proteins contribute to nuclear compartmentalization Tvůrce(i) Sztacho, Martin (UMG-J) ORCID
Červenka, Jakub (UZFG-Y) ORCID
Šalovská, Barbora (UMG-J)
Antiga, Ludovica (UMG-J)
Hoboth, Peter (UMG-J) ORCID
Hozák, Pavel (UMG-J) RID, ORCIDCelkový počet autorů 6 Číslo článku e1011462 Zdroj.dok. PLoS Genetics. - : Public Library of Science - ISSN 1553-7404
Roč. 20, č. 12 (2024)Poč.str. 38 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. US - Spojené státy americké Klíč. slova long noncoding rnas ; phase-separation ; complex coacervation ; prediction ; regions ; phosphoinositides ; chromatin ; domains ; binding ; organization Obor OECD Biochemistry and molecular biology CEP GA19-05608S GA ČR - Grantová agentura ČR GA18-19714S GA ČR - Grantová agentura ČR LX22NPO5102 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy LTC19048 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy LTC20024 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ED1.1.00/02.0109 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy LM2018129 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy LM2023050 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy EF16_013/0001775 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy EF18_046/0016045 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy Způsob publikování Open access Institucionální podpora UMG-J - RVO:68378050 ; UZFG-Y - RVO:67985904 UT WOS 001368952300001 EID SCOPUS 85211183127 DOI https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1011462 Anotace The RNA content is crucial for the formation of nuclear compartments, such as nuclear speckles and nucleoli. Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP2) is found in nuclear speckles, nucleoli, and nuclear lipid islets and is involved in RNA polymerase I/II transcription. Intriguingly, the nuclear localization of PIP2 was also shown to be RNA-dependent. We therefore investigated whether PIP2 and RNA cooperate in the establishment of nuclear architecture. In this study, we unveiled the RNA-dependent PIP2-associated (RDPA) nuclear proteome in human cells by mass spectrometry. We found that intrinsically disordered regions (IDRs) with polybasic PIP2-binding K/R motifs are prevalent features of RDPA proteins. Moreover, these IDRs of RDPA proteins exhibit enrichment for phosphorylation, acetylation, and ubiquitination sites. Our results show for the first time that the RDPA protein Bromodomain-containing protein 4 (BRD4) associates with PIP2 in the RNA-dependent manner via electrostatic interactions, and that altered PIP2 levels affect the number of nuclear foci of BRD4 protein. Thus, we propose that PIP2 spatiotemporally orchestrates nuclear processes through association with RNA and RDPA proteins and affects their ability to form foci presumably via phase separation. This suggests the pivotal role of PIP2 in the establishment of a functional nuclear architecture competent for gene expression. Pracoviště Ústav molekulární genetiky Kontakt Nikol Škňouřilová, nikol.sknourilova@img.cas.cz, Tel.: 241 063 217 Rok sběru 2025 Elektronická adresa https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1011462
Počet záznamů: 1