0310134 - ÚOCHB 2009 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Řezáčová, Pavlína - Kožíšek, Milan - Moy, S. F. - Sieglová, Irena - Joachimiak, A. - Machius, M. - Otwinowski, Z.
Crystal structures of the effector-binding domain of repressor CggR from Bacillus subtilis reveal ligand-induced structural changes upon binding of several glycolytic intermediates.
[Krystalové struktury efektor vážící domény represoru CggR z bakterie Bacillus subtilis ukazují strukturní změny po vazbě několika intermediátů glykolýzy.]
Molecular Microbiology. Roč. 69, č. 4 (2008), s. 895-910. ISSN 0950-382X. E-ISSN 1365-2958
Grant CEP: GA MŠMT 1M0508
Grant ostatní: US Department of Energy(US) DE-AC02-06CH11357; NIH(US) GM074942
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506; CEZ:AV0Z50520514
Klíčová slova: DeoR family * CggR * Bacillus subtilis
Kód oboru RIV: EE - Mikrobiologie, virologie
Impakt faktor: 5.213, rok: 2008
DOI: https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2008.06318.x

Crystal structures of the C-terminal effector-binding domain of CggR, both unliganded as well as in complex with the four ligands at resolutions between 1.65 and 1.80 A reveal unique ligand-specific structural changes in the binding site that affect the dimer interface. Binding affinities of these ligands were determined by isothermal titration calorimetry. Chemical cross-linking shows that CggR oligomerization is mediated through its effector-binding domain, and that binding of the different ligands differentially affects the distribution of oligomers. Electrophoretic mobility shift assays (EMSAs) confirmed a destabilizing effect of fructose-1,6-bisphosphate on the CggR/ DNA complex, and also showed similar effects for dihydroxyacetone phosphate. Our results suggest that CggR stability and function may be modulated by various effectors in a complex fashion.

Krystalové struktury C-koncové domény represoru CggR ve volné formě a ve formě vázající čtyři různé ligandy byly určeny na rozlišení 1.65 až 1.80 A. Tyto struktury odhalují strukturní změny vazebného místa a dimerního rozhraní spojené se specifickou vazbou ligandu. Vazebné afinity 4 ligandů byly určeny isotermalni titrační kalorimetrií (ITC). Metodou chemiského cross-linkingu bylo prokázáno ze oligomerizace CggR je zprostředkována přes C-koncovou doménu a zastoupení různých oligomerů je ovlivněno na přítomnosti ligandů. Test DNA vazebné aktivity prokázal destabilizaci CggR/DNA komplexu v přítomnosti fruktozy-1,6-bisfosfátu a podobný efekt byl pozorován pro dihydroxyacetonfosfát. Naše výsledky prokazují, že stabilita a funkce CggR je modulována různými efektory.

Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0162082