0105345 - UMG-J 20043135 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Jenčová, V. - Strnad, Hynek - Chodora, Z. - Ulbrich, P. - Hickey, W. - Pačes, Václav
Chlorocatechol catabolic enzymes from Achromobacter xylosoxidans A8.
[Katabolické enzymy chlorokatecholů z Achromobacter xylosoxidans A8.]
International Biodeterioration & Biodegradation. Roč. 54, - (2004), s. 175-181. ISSN 0964-8305. E-ISSN 1879-0208
Grant CEP: GA MŠMT LN00A079
Klíčová slova: biodegradation * Achromobacter xylosoxidans * modified ortho-cleavage pathwa
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
Impakt faktor: 0.835, rok: 2004

Achromobacter xylosoxidans strain A8, isolated from soil contaminated with polychlorinated biphenyls (PCBs), is able to use 2-clorobenzoate (2-CB) and 2,5-dichlorobenzoate (2,5-DCB) as sole sources of carbon and energy. The genome of this strain contains two large conjugative plasmids pA81 and pA82. A cluster of genes homologous to genes of a modified ortho-cleavage pathway was identified on the 12.4 kbp fragment of pA81. The genes, mocpR-ABCD, are highly homologous to the cbnR-ABXCD genes on plasmid pENH91 from Ralstonia eutropha ENH91, the tetR-CDXEF genes from Pseudomonas chlororaphis RW71 and tcbR-CDXEF genes identified on plasmid pP51 from Pseudomonas sp. strain P51. The structures of mocp, cbn, tet and tcb gene clusters are completely conserved in these bacteria. However, the sequences flanking the mocp genes differ from the sequence surrounding the tcb genes. A gene for IS1600 transposase, found on the ends of cbn genes, was identified only downstream from the mocp genes. The vicinity of the transposase gene and the localization of the mocp genes on the conjugative plasmid suggest that chlorocatechol degradation genes are transferable. Hybridization analysis confirmed that mocp genes are located only on pA81, which is thereby essential for the degradation of CBs by this strain. Individual genes were cloned, expressed in Escherichia coli and their activities confirmed by reaction with suitable substrates

Kmen Achromobacter xylosoxidans A8 izolovaný z půdy kontaminované polychlorovanými bifenyly (PCB) je schopen využit jako jediné zdroje uhlíku a energie 2-chlorbenzoát (2-CB) a 2,5-dichlorbenzoát (2,5-DCB). Genom tohoto kmene obsahuje dva velké kojugativní plasmidy pA81 a pA82. Na fragmentu velikosti 12,4 kbp pA81 byl identifikován shluk genů homologních s geny modifikované dráhy štěpení v pozici ortho-. Tyto geny, mocpR-ABCD, jsou vysoce homologní s geny cbnR-ABXCD na plasmidu pENH91 z Ralstonia eutropha ENH91, geny tetR-CDXEF z Pseudomonas chlororaphis RW71 a geny tcbR-CDXEF identifikovanými na plasmidu pP51 z Pseudomonas sp. kmene P51. Struktura shluku genů mocp, cbn, tet a tcb je v těchto bakteriích vysoce konzervována. Sekvence sousedící s geny mocp se však liší se sekvencemi sousedícími s geny tcb. Gen pro transpozázu IS1600 nalezený na koncích genů cbn byl identifikován pouze po směru transkripce od genů mocp. Okolí genu pro transpozázu a umístění genů mocp na konjugativním plasmidu naznačuje, že geny pro degradaci chlorokatecholu jsou přenosné. Hybridizační analýza potvrdila, že geny mocp jsou umístěny pouze na pA81, který je tak klíčový pro degradaci CB tímto kmenem. Jednotlivé geny byly klonovány, exprimovány v Escherichia coli a jejich aktivita byla potvrzena reakcí s vhodnými substráty
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0012588