Počet záznamů: 1
Natural and magnetic circular dichroism spectra of nucleosides: effect of the dynamics and environment
- 1.
SYSNO ASEP 0541262 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název Natural and magnetic circular dichroism spectra of nucleosides: effect of the dynamics and environment Tvůrce(i) Kaminský, Jakub (UOCHB-X) RID, ORCID
Andrushchenko, Valery (UOCHB-X) RID, ORCID
Bouř, Petr (UOCHB-X) RID, ORCIDZdroj.dok. RSC Advances. - : Royal Society of Chemistry
Roč. 11, č. 14 (2021), s. 8411-8419Poč.str. 9 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. GB - Velká Británie Klíč. slova nucleosides ; magnetic circular dichroism ; density functional theory ; spectra modelling Obor OECD Physical chemistry CEP GA20-10144S GA ČR - Grantová agentura ČR LTAUSA18085 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy EF16_019/0000729 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy Výzkumná infrastruktura e-INFRA CZ - 90140 - CESNET, zájmové sdružení právnických osob Způsob publikování Open access Institucionální podpora UOCHB-X - RVO:61388963 UT WOS 000622073000065 EID SCOPUS 85101635046 DOI 10.1039/d1ra00076d Anotace Chiroptical spectroscopic methods are excellent tools to study structure and interactions of biomolecules. However, their sensitivity to different structural aspects varies. To understand the dependence of absorption, electronic and magnetic circular dichroism (ECD, MCD) intensities on the structure, dynamics and environment, we measured and simulated spectra of nucleosides and other nucleic acid model components. The conformation space was explored by molecular dynamics (MD), the electronic spectra were generated using time dependent density functional theory (TDDFT). The sum over state (SOS) method was employed for MCD. The results show that accounting for the dynamics is crucial for reproduction of the experiment. While unpolarized absorption spectroscopy is relatively indifferent, ECD reflects the conformation and geometry dispersion more. MCD spectra provide variable response dependent on the wavelength and structural change. In general, MCD samples the structure more locally than ECD. Simple computational tests suggest that the optical spectroscopies coupled with the computational tools provide useful information about nucleic acid components, including base pairing and stacking. Pracoviště Ústav organické chemie a biochemie Kontakt asep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Jana Procházková, Tel.: 220 183 418 Rok sběru 2022 Elektronická adresa https://doi.org/10.1039/D1RA00076D
Počet záznamů: 1