Počet záznamů: 1
SARS-CoV-2 hot-spot mutations are significantly enriched within inverted repeats and CpG island loci
- 1.
SYSNO ASEP 0555382 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název SARS-CoV-2 hot-spot mutations are significantly enriched within inverted repeats and CpG island loci Tvůrce(i) Goswami, Pratik (BFU-R)
Bartas, M. (CZ)
Lexa, M. (CZ)
Bohalova, Natalia (BFU-R) ORCID
Volna, A. (CZ)
Cerven, J. (CZ)
Cervenova, V. (CZ)
Pečinka, P. (CZ)
Špunda, Vladimír (UEK-B) ORCID, SAI, RID
Fojta, Miroslav (BFU-R) RID, ORCID
Brázda, Václav (BFU-R) RID, ORCIDCelkový počet autorů 11 Zdroj.dok. Briefings in Bioinformatics. - : Oxford University Press - ISSN 1467-5463
Roč. 22, č. 2 (2021), s. 1338-1345Poč.str. 8 s. Forma vydání Tištěná - P Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. GB - Velká Británie Klíč. slova dna ; rna ; methylation ; genotype ; protein ; search Vědní obor RIV CE - Biochemie Obor OECD Biochemistry and molecular biology Vědní obor RIV – spolupráce Ústav výzkumu globální změny CEP GA18-15548S GA ČR - Grantová agentura ČR EF15_003/0000477 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy Způsob publikování Open access Institucionální podpora BFU-R - RVO:68081707 UT WOS 000642298000058 EID SCOPUS 85103474633 DOI 10.1093/bib/bbaa385 Anotace SARS-CoV-2 is an intensively investigated virus from the order Nidovirales (Coronaviridae family) that causes COVID-19 disease in humans. Through enormous scientific effort, thousands of viral strains have been sequenced to date, thereby creating a strong background for deep bioinformatics studies of the SARS-CoV-2 genome. In this study, we inspected high-frequency mutations of SARS-CoV-2 and carried out systematic analyses of their overlay with inverted repeat (IR) loci and CpG islands. The main conclusion of our study is that SARS-CoV-2 hot-spot mutations are significantly enriched within both IRs and CpG island loci. This points to their role in genomic instability and may predict further mutational drive of the SARS-CoV-2 genome. Moreover, CpG islands are strongly enriched upstream from viral ORFs and thus could play important roles in transcription and the viral life cycle. We hypothesize that hypermethylation of these loci will decrease the transcription of viral ORFs and could therefore limit the progression of the disease. Pracoviště Biofyzikální ústav Kontakt Jana Poláková, polakova@ibp.cz, Tel.: 541 517 244 Rok sběru 2022 Elektronická adresa https://academic.oup.com/bib/article/22/2/1338/6042389
Počet záznamů: 1