Počet záznamů: 1
Batch alignment via retention orders for preprocessing large-scale multi-batch LC-MS experiments
- 1.
SYSNO ASEP 0560115 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název Batch alignment via retention orders for preprocessing large-scale multi-batch LC-MS experiments Tvůrce(i) Malinka, František (UMG-J)
Zareie, Ashkan (UMG-J)
Procházka, Jan (UMG-J) ORCID
Sedláček, Radislav (UMG-J) RID
Novosadová, Vendula (UMG-J)Celkový počet autorů 5 Zdroj.dok. Bioinformatics. - : Oxford University Press - ISSN 1367-4803
Roč. 38, č. 15 (2022), s. 3759-3767Poč.str. 9 s. Forma vydání Online - E Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. GB - Velká Británie Klíč. slova mass spectrometry data ; sequence alignment ; metabolomics ; algorithms Vědní obor RIV EB - Genetika a molekulární biologie Obor OECD Biochemistry and molecular biology CEP LM2018126 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy EF16_013/0001789 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy Způsob publikování Omezený přístup Institucionální podpora UMG-J - RVO:68378050 UT WOS 000835001000012 DOI 10.1093/bioinformatics/btac407 Anotace Motivation: Meticulous selection of chromatographic peak detection parameters and algorithms is a crucial step in preprocessing liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) data. However, as mass-to-charge ratio and retention time shifts are larger between batches than within batches, finding apt parameters for all samples of a large-scale multi-batch experiment with the aim of minimizing information loss becomes a challenging task. Preprocessing independent batches individually can curtail said problems but requires a method for aligning and combining them for further downstream analysis. Pracoviště Ústav molekulární genetiky Kontakt Nikol Škňouřilová, nikol.sknourilova@img.cas.cz, Tel.: 241 063 217 Rok sběru 2023 Elektronická adresa https://academic.oup.com/bioinformatics/article/38/15/3759/6617343?login=true
Počet záznamů: 1