Počet záznamů: 1
The beginning and the end: flanking nucleotides induce a parallel G-quadruplex topology
- 1.
SYSNO ASEP 0554476 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název The beginning and the end: flanking nucleotides induce a parallel G-quadruplex topology Tvůrce(i) Chen, J. (CN)
Cheng, M. (CN)
Salgado, G.F. (FR)
Stadlbauer, Petr (BFU-R) ORCID
Zhang, X. (CN)
Amrane, S. (FR)
Guédin, A. (FR)
He, F. (CN)
Šponer, Judit E. (BFU-R) RID, ORCID
Ju, H. (CN)
Mergny, Jean-Louis (BFU-R) ORCID, RID
Zhou, J. (CN)Celkový počet autorů 12 Zdroj.dok. Nucleic Acids Research. - : Oxford University Press - ISSN 0305-1048
Roč. 49, č. 16 (2021), s. 9548-9559Poč.str. 12 s. Forma vydání Tištěná - P Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. GB - Velká Británie Klíč. slova loop-length ; k+ solution ; dna ; stability ; sequence Vědní obor RIV CE - Biochemie Obor OECD Biochemistry and molecular biology CEP GA21-23718S GA ČR - Grantová agentura ČR EF15_003/0000477 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy Způsob publikování Open access Institucionální podpora BFU-R - RVO:68081707 UT WOS 000701664900040 EID SCOPUS 85116221722 DOI 10.1093/nar/gkab681 Anotace Genomic sequences susceptible to form G-quadruplexes (G4s) are always flanked by other nucleotides, but G4 formation in vitro is generally studied with short synthetic DNA or RNA oligonucleotides, for which bases adjacent to the G4 core are often omitted. Herein, we systematically studied the effects of flanking nucleotides on structural polymorphism of 371 different oligodeoxynucleotides that adopt intramolecular G4 structures. We found out that the addition of nucleotides favors the formation of a parallel fold, defined as the 'flanking effect' in this work. This 'flanking effect' was more pronounced when nucleotides were added at the 5'end, and depended on loop arrangement. NMR experiments and molecular dynamics simulations revealed that flanking sequences at the 5'-end abolish a strong syn-specific hydrogen bond commonly found in non-parallel conformations, thus favoring a parallel topology. These analyses pave a new way for more accurate prediction of DNA G4 folding in a physiological context. Pracoviště Biofyzikální ústav Kontakt Jana Poláková, polakova@ibp.cz, Tel.: 541 517 244 Rok sběru 2022 Elektronická adresa https://academic.oup.com/nar/article/49/16/9548/6348194
Počet záznamů: 1