Souprava pro kvantifikaci exprese vybraného genu, PNPLA3

0540333 - ÚMG 2021 RIV CZ cze L - Prototyp, funkční vzorek
Tůmová, Magda - Cahová, M. - Dráber, Petr - Dráber, M.
Souprava pro kvantifikaci exprese vybraného genu, PNPLA3.
[Kit for quantification of the selected gene expression, PNPLA3.]
Interní kód: R-qPCR_PNPLA3_WT-SYBR ; 2020
Technické parametry: Jedná se o soupravu pro stanovení mRNA pro PNPLA3 WT: Souprava obsahuje 1) HL pufr pro hybridizaci a ligaci, 2) R-qPCR Master Mix se SYBR Green barvivem, 3) DNA ligázu (SplintR) a 4) DNA sondy L a R. Jedná se o dva syntetické oligonukleotidy DNA, jejichž sekvence jsou komplementární ke stanovované mRNA a navazují bezprostředně na sebe. Sekvence každé sondy na jednom konci pokračuje sekvencí pro nasedání primerů pro qPCR detekci. Tyto amplifikační primery jsou rovněž součástí soupravy. Souprava bude vyráběna ve společnosti Top-Bio, s.r.o., sídlící ve Vestci, Průmyslová 596, PSČ 25250, které se podílelo na řešení projektu, případně bude po udělení podaného patentu, nabídnuta na licenčním základě zájemcům.
Ekonomické parametry: Jedná se o stanovení unikátní PNPLA3 mRNA s využitím až stovek souprav ročně na domácím trhu se ziskem z domácího trhu v jednotkách stovek tisíc Kč.
Grant CEP: GA MPO FV20479
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: Quantification of gene expression * DNA ligase * quantitattive polymerase chain reaction * enhancers of PCR and DNA ligation
Obor OECD: Human genetics

V rámci tohoto projektu byla vyvinuta nová zjednodušená metoda pro kvantifikaci exprese PNPLA3 mRNA. Metoda spočívá ve vazbě specifických DNA oligonukleotidových sond na PNPLA3 mRNA, ligaci DNA sond vázaných na PNPLA3 RNA pomocí DNA ligázy a následné aplifikaci ligovaných úseků DNA pomocí qPCR. Byly vyvinuty pufrované roztoky s aditivy, které umožňují provést hybridizaci, ligaci i qPCR v jedné zkumavce. Tato metoda byla využita pro přípravu prototypu soupravu na stanovení PNPLA3 mRNA. Souprava obsahuje všechny komponenty nutné pro kvantifikaci PNPLA3 z izolované RNA, včetně specifických oligonukleotidových primerů, ligaci a amplifikaci ligovaných fragmentů pomocí qPCR s využitím interkalačního barviva SYBR Green 1.

Within this project, a new simplified method for quantification of PNPLA3 gene expression was developed. This method consists of binding specific DNA oligonucleotide probes with PNPLA3 mRNA, ligating DNA probes bound to PNPLA3 mRNA by DNA ligase, and then amplifying the ligated DNA segments with qPCR. Buffered solutions with additives have been developed that allow hybridization, ligation and qPCR to be performed in a single tube. A kit for the determination of PNPLA3 mRNA has been designed. This kit contains all the necessary components for the quantification of PNPLA3 from isolated RNA, including specific oligonucleotide primers, enzymes needed for ligation and amplification of ligated fragments by qPCR using SYBR Green 1 intercalation dye.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0317976