Počet záznamů: 1
Robust Image Analysis of BeadChip Microarrays
- 1.
SYSNO ASEP 0438102 Druh ASEP C - Konferenční příspěvek (mezinárodní konf.) Zařazení RIV D - Článek ve sborníku Název Robust Image Analysis of BeadChip Microarrays Tvůrce(i) Kalina, Jan (UIVT-O) RID, SAI, ORCID
Schlenker, A. (CZ)Zdroj.dok. BIOIMAGING 2015. Proceedings of the International Conference on Bioimaging. - Lisbon : Scitepress, 2015 / Secca M.J. ; Schier J. ; Fred A. ; Gamboa H. ; Elias D. - ISBN 978-989-758-072-7 Rozsah stran s. 89-94 Poč.str. 6 s. Forma vydání Nosič - C Akce BIOIMAGING 2015. International Conference on Bioimaging /2./ Datum konání 12.01.2015-15.01.2015 Místo konání Lisbon Země PT - Portugalsko Typ akce WRD Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. PT - Portugalsko Klíč. slova microarray ; robust image analysis ; noise ; outlying measurements ; background effect Vědní obor RIV IN - Informatika Institucionální podpora UIVT-O - RVO:67985807 EID SCOPUS 84936765140 DOI 10.5220/0005246900890094 Anotace Microarray images in molecular genetics are heavily contaminated by noise and outlying measurements. This paper is devoted to analysis of Illumina BeadChip microarray images, primarily to their low-level preprocessing. We point out that standard image analysis procedures, which are implemented in the beadarray package of BioConductor software, are highly sensitive to contamination by severe noise and outliers. Therefore, the habitually used methodology does not discover many of the outliers. We illustrate this on real data and show that the standard background correction method may actually amplify the noise in the image. A robust image analysis tailor-made for this type of microarray images is highly desirable. We explain principles and show preliminary results of our robust alternative to the standard approach, which aims to be robust to noise and outliers in each its step. Pracoviště Ústav informatiky Kontakt Tereza Šírová, sirova@cs.cas.cz, Tel.: 266 053 800 Rok sběru 2015
Počet záznamů: 1