Počet záznamů: 1
Bohl-Marek decomposition applied to a class of biochemical networks with conservation properties
- 1.
SYSNO ASEP 0568675 Druh ASEP C - Konferenční příspěvek (mezinárodní konf.) Zařazení RIV D - Článek ve sborníku Název Bohl-Marek decomposition applied to a class of biochemical networks with conservation properties Tvůrce(i) Papáček, Štěpán (UTIA-B) ORCID
Matonoha, Ctirad (UIVT-O) RID, SAI
Duintjer Tebbens, Jurjen (UIVT-O) RID, SAI, ORCIDCelkový počet autorů 3 Zdroj.dok. Proceedings of the Seminar on Numerical Analysis & Winter School /SNA' 23/. - Ostrava : Institute of Geonics of the Czech Academy of Sciences, 2023 / Starý Jiří ; Sysala Stanislav ; Sysalová Dagmar - ISBN 978-80-86407-85-2 Rozsah stran s. 56-59 Poč.str. 4 s. Forma vydání Online - E Akce SEMINAR ON NUMERICAL ANALYSIS - SNA'23 In memoriam of professor Radim Blaheta Datum konání 23.01.2023 - 27.01.2023 Místo konání Ostrava Země CZ - Česká republika Typ akce WRD Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. CZ - Česká republika Klíč. slova Mathematical modeling ; Biochemical network ; Pharmacokinetic (PBPK) models Vědní obor RIV BC - Teorie a systémy řízení Obor OECD Applied mathematics CEP GA21-03689S GA ČR - Grantová agentura ČR Institucionální podpora UTIA-B - RVO:67985556 ; UIVT-O - RVO:67985807 Anotace This study presents an application of one special technique, further called as Bohl-Marek decomposition, related to the mathematical modeling of biochemical networks with mass conservation properties. We continue in direction of papers devoted to inverse problems of parameter estimation for mathematical models describing the drug-induced enzyme production networks [3]. However, being aware of the complexity of general physiologically based pharmacokinetic (PBPK) models, here we focus on the case of enzyme-catalyzed reactions with a substrate transport chain [5]. Although our ultimate goal is to develop a reliable method for fitting the model parameters to given experimental data, here we study certain numerical issues within the framework of optimal experimental design [6]. Before starting an experiment on a real biochemical network, we formulate an optimization problem aiming to maximize the information content of the corresponding experiment. For the above-sketched optimization problem, the computational costs related to the two formulations of the same biochemical network, being (i) the classical formulation x˙(t) = Ax(t) + b(t) and (ii) the 'quasi-linear' Bohl-Marek formulation x˙M(t) = M(x(t)) xM(t), can be determined and compared. Pracoviště Ústav teorie informace a automatizace Kontakt Markéta Votavová, votavova@utia.cas.cz, Tel.: 266 052 201. Rok sběru 2024
Počet záznamů: 1