Souprava pro kvantifikaci exprese vybraného genu, mTNF-α

0540334 - ÚMG 2021 RIV CZ cze L - Prototyp, funkční vzorek
Tůmová, Magda - Dráber, Petr - Dráber, M.
Souprava pro kvantifikaci exprese vybraného genu, mTNF-α.
[Kit for quantification of selected gene expression, mTNF-α.]
Interní kód: sQPCR-TNF-α ; 2020
Technické parametry: Jedná se o soupravu pro stanovení mRNA pro TNF-α: Souprava obsahuje 1) HL pufr pro hybridizaci a ligaci, 2) R-qPCR Master Mix se SYBR Green barvivem, 3) DNA ligázu (SplintR) a 4) DNA sondy L a R. Jedná se o dva syntetické oligonukleotidy DNA, jejichž sekvence jsou komplementární k TNF-α mRNA a navazují bezprostředně na sebe. Sekvence každé sondy na jednom konci pokračuje sekvencí pro nasedání primerů při qPCR detekci. Tyto amplifikační primery jsou rovněž součástí soupravy. Souprava bude vyráběna ve společnosti Top-Bio, s.r.o., sídlící ve Vestci, Průmyslová 596, PSČ 25250, které se podílelo na řešení projektu.
Ekonomické parametry: Jedná se o stanovení unikátní mRNA s využitím až stovek souprav ročně na domácím trhu se ziskem z domácího trhu v jednotkách stovek tisíc Kč.
Grant CEP: GA MPO FV20479
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: Quantification of gene expression * DNA ligase * quantitattive polymerase chain reaction * enhancers of PCR and DNA ligation
Obor OECD: Human genetics

V rámci tohoto projektu byla vyvinuta nová zjednodušená metoda pro kvantifikaci exprese TNF-α genu. Metoda spočívá ve vazbě specifických DNA oligonukleotidových sond na templátovou RNA pro TNF-α mRNA, ligaci DNA sond vázaných na TNF-α mRNA pomocí DNA ligázy a následné aplifikaci ligovaných úseků DNA pomocí qPCR. Byly vyvinuty pufrované roztoky s aditivy, které umožňují provést hybridizaci, ligaci i qPCR v jedné zkumavce. Tato metoda byla využita pro přípravu prototypu soupravu na stanovení TNF-α mRNA. Souprava obsahuje všechny komponenty nutné pro kvantifikaci TNF-α z izolované RNA, včetně specifických oligonukleotidových primerů, ligaci a amplifikaci ligovaných fragmentů pomocí qPCR s využitím interkalačního barviva SYBR Green 1.

Within this project, a new simplified method for quantification of TNF-α gene expression was developed. This method consists of binding specific DNA oligonucleotide probes with template TNF-α mRNA, ligating DNA probes bound to TNF-α mRNA by DNA ligase, and then amplifying the ligated DNA segments with qPCR. Buffered solutions with additives have been developed that allow hybridization, ligation and qPCR to be performed in a single tube. A kit for the determination of TNF-α mRNA has been designed. This kit contains all the necessary components for the quantification of TNF-α mRNA from isolated RNA, including specific oligonucleotide primers, enzymes needed for ligation and amplification of ligated fragments by qPCR using SYBR Green 1 intercalation dye.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0317977