Počet záznamů: 1
Biomat
- 1.
SYSNO ASEP 0522714 Druh ASEP L4 - Software Zařazení RIV R - Software Název Biomat Tvůrce(i) Janáček, Jiří (FGU-C) RID, ORCID Rok vydání 2019 Int.kód BM_2020_1.0.1 Technické parametry Pluginy v Biomat jsou nástroje pro detekci a analýzu kapilárního řečiště a převodního systému v srdci Ekonomické parametry Jedná se o volně dostupný software Název vlastníka Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i. IČ vlastníka 67985823 Požad. na licenč. popl. N - Poskytovatel licence nepožaduje licenční poplatek Číselná identifikace BM_2020_1.0.1 Jazyk dok. eng - angličtina Země vlastníka CZ - Česká republika Klíč. slova tensor images ; ImageJ ; fiber networks ; Lipschitz envelope ; heat equation ; Crank-Nicolson method Vědní obor RIV FP - Ostatní lékařské obory Obor OECD Anatomy and morphology (plant science to be 1.6) CEP LTC17023 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy Institucionální podpora FGU-C - RVO:67985823 Anotace Biomat is collection of ImageJ plugins distributed in FiJi.
1) Plugins for 3D image preprocessing.
Stack Linear Contrast - multiplies images in stack by coefficient obtained by linear interpolation of the “first” and “last” coefficient. A simple tool for compensation of contrast decreasing with depth within thick sample.
Lipschitz 3D Filter - top hat - subtracts slowly varying background calculated as lower Lipschitz envelope from the image.
2) Plugins for detection of fibres in 3D image.
Tensor Line 3D Filter - enhances white fibers of uniform width sparsely distributed on dark background.
Vector Line 3D Filter - enhances white fibers of varying thickness. Crossection of the fibers need not be circular.
3) Plugins for evaluation of 2D images using heat equation.
2D Tensor Color Coding - standard color coding of 2D tensor image. Symmetric tensor is coded as channels of 32 bit image stacks.
2D Heat Kernel Tensor - second order moments of heat kernel calculated from 8 bit binary image by Crank-Nicolson method.
2D Tensor Statistics - summary of tensor image (in ROI). “Value” is average trace of the tensor, “shape” is the ratio of its eigenvalues and “angle” of the first eigenvector is measured counterclockwise from the horizontal axis.
Pracoviště Fyziologický ústav Kontakt Lucie Trajhanová, lucie.trajhanova@fgu.cas.cz, Tel.: 241 062 400 Rok sběru 2020 Elektronická adresa https://imagej.net/Biomat
Počet záznamů: 1