Počet záznamů: 1
Ranking Power of the SQM/COSMO Scoring Function on Carbonic Anhydrase II-Inhibitor Complexes
- 1.
SYSNO ASEP 0490170 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název Ranking Power of the SQM/COSMO Scoring Function on Carbonic Anhydrase II-Inhibitor Complexes Tvůrce(i) Pecina, Adam (UOCHB-X) RID, ORCID
Brynda, Jiří (UOCHB-X) RID, ORCID
Vrzal, Lukáš (UOCHB-X)
Gnanasekaran, Ramachandran (UOCHB-X) RID
Hořejší, M. (CZ)
Eyrilmez, Saltuk M. (UOCHB-X) ORCID, RID
Řezáč, Jan (UOCHB-X) RID, ORCID
Lepšík, Martin (UOCHB-X) RID, ORCID
Řezáčová, Pavlína (UOCHB-X) RID, ORCID
Hobza, Pavel (UOCHB-X) RID, ORCID
Majer, Pavel (UOCHB-X)
Veverka, Václav (UOCHB-X) RID, ORCID
Fanfrlík, Jindřich (UOCHB-X) RID, ORCIDZdroj.dok. ChemPhysChem. - : Wiley - ISSN 1439-4235
Roč. 19, č. 7 (2018), s. 873-879Poč.str. 7 s. Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. DE - Německo Klíč. slova binding affinities ; crystallography ; lead optimization ; quantum mechanics ; scoring function Vědní obor RIV CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie Obor OECD Physical chemistry CEP GJ16-11321Y GA ČR - Grantová agentura ČR LO1304 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy LK11205 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy EF16_019/0000729 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy Institucionální podpora UOCHB-X - RVO:61388963 UT WOS 000429538400010 EID SCOPUS 85042127714 DOI 10.1002/cphc.201701104 Anotace Accurate prediction of protein-ligand binding affinities is essential for hit-to-lead optimization and virtual screening. The reliability of scoring functions can be improved by including quantum effects. Here, we demonstrate the ranking power of the semiempirical quantum mechanics (SQM)/implicit solvent (COSMO) scoring function by using a challenging set of 10 inhibitors binding to carbonic anhydraseII through Zn2+ in the active site. This new dataset consists of the high-resolution (1.1-1.4 angstrom) crystal structures and experimentally determined inhibitory constant (K-i) values. It allows for evaluation of the common approximations, such as representing the solvent implicitly or by using a single target conformation combined with a set of ligand docking poses. SQM/COSMO attained a good correlation of R-2 of 0.56-0.77 with the experimental inhibitory activities, benefiting from careful handling of both noncovalent interactions (e.g. charge transfer) and solvation. This proof-of-concept study of SQM/COSMO ranking for metalloprotein-ligand systems demonstrates its potential for hit-to-lead applications. Pracoviště Ústav organické chemie a biochemie Kontakt asep@uochb.cas.cz ; Kateřina Šperková, Tel.: 232 002 584 ; Jana Procházková, Tel.: 220 183 418 Rok sběru 2019
Počet záznamů: 1