Počet záznamů: 1

Atlas of Protein Hydration

SYSNO ASEP	0452202
Druh ASEP	L4 - Software
Zařazení RIV	R - Software
Název	Atlas of Protein Hydration
Tvůrce(i)	Černý, Jiří (BTO-N)_{RID, ORCID} Biedermannová, Lada (BTO-N)_{RID, ORCID} Schneider, Bohdan (BTO-N)_{RID, ORCID}
Rok vydání	2014
Int.kód	webatlas_hydratace
Technické parametry	website, html, css, javascript, JSmol applet
Ekonomické parametry	typový projekt
Název vlastníka	Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i.
IČ vlastníka	86652036
Využ. jiným subjektem	P - Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence
Požad. na licenč. popl.	N - Poskytovatel licence nepožaduje licenční poplatek
Číselná identifikace	57/2015
Jazyk dok.	eng - angličtina
Země vlastníka	CZ - Česká republika
Klíč. slova	protein hydration ; structural biology ; X-ray crystallography ; Interaction energy ; quantum chemistry
Vědní obor RIV	BO - Biofyzika
Vědní obor RIV – spolupráce	Biofyzika
CEP	GPP205/12/P729 GA ČR - Grantová agentura ČR
	ED1.1.00/02.0109 GA MŠMT - Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Institucionální podpora	BTO-N - RVO:86652036
Anotace	The website provides information on the hydration of amino acid residues in different conformational states in X-ray crystal structures and their visualization in a Jmol applet. The positions and probabilities of the hydration sites were derived from the analysis of of a non-redundant set of 2818 high resolution protein crystal structures from the Protein Data Bank, as described in Biedermannova et al, Acta Cryst. D 2015. For each hydration site the interaction energy was also calculated at the level of DFT-D (RI-TPSS/TZVP augmented with empirical dispersion term) with the solvation effects described using COSMO.
Pracoviště	Biotechnologický ústav
Kontakt	Monika Kopřivová, Monika.Koprivova@ibt.cas.cz, Tel.: 325 873 700
Rok sběru	2016
Elektronická adresa	http://www.dnatco.org/atlas

Počet záznamů: 1