Počet záznamů: 1
Quadruplex-forming sequences occupy discrete regions inside plant LTR retrotransposons
- 1.
SYSNO ASEP 0440128 Druh ASEP J - Článek v odborném periodiku Zařazení RIV J - Článek v odborném periodiku Poddruh J Článek ve WOS Název Quadruplex-forming sequences occupy discrete regions inside plant LTR retrotransposons Tvůrce(i) Lexa, M. (CZ)
Kejnovský, Eduard (BFU-R) RID, ORCID
Šteflová, Pavlína (BFU-R)
Konvalinová, H. (CZ)
Vorlíčková, Michaela (BFU-R) RID, ORCID
Vyskot, Boris (BFU-R) RID, ORCIDCelkový počet autorů 6 Zdroj.dok. Nucleic Acids Research. - : Oxford University Press - ISSN 0305-1048
Roč. 42, č. 2 (2014), s. 968-978Poč.str. 11 s. Forma vydání Tištěná - P Jazyk dok. eng - angličtina Země vyd. GB - Velká Británie Klíč. slova INTRAMOLECULAR DNA QUADRUPLEXES ; VIRUS TYPE-1 RNA ; CIRCULAR-DICHROISM Vědní obor RIV BO - Biofyzika CEP GAP205/12/0466 GA ČR - Grantová agentura ČR GAP305/10/0930 GA ČR - Grantová agentura ČR GAP501/10/0102 GA ČR - Grantová agentura ČR GA522/09/0083 GA ČR - Grantová agentura ČR GPP501/10/P483 GA ČR - Grantová agentura ČR Institucionální podpora BFU-R - RVO:68081707 UT WOS 000331138100030 DOI https://doi.org/10.1093/nar/gkt893 Anotace Retrotransposons with long terminal repeats (LTR) form a significant proportion of eukaryotic genomes, especially in plants. They have gag and pol genes and several regulatory regions necessary for transcription and reverse transcription. We searched for potential quadruplex-forming sequences (PQSs) and potential triplex-forming sequences (PTSs) in 18 377 full-length LTR retrotransposons collected from 21 plant species. We found that PQSs were often located in LTRs, both upstream and downstream of promoters from which the whole retrotransposon is transcribed. Upstream-located guanine PQSs were dominant in the minus DNA strand, whereas downstream-located guanine PQSs prevailed in the plus strand, indicating their role both at transcriptional and post-transcriptional levels. Our circular dichroism spectroscopy measurements confirmed that these PQSs readily adopted guanine quadruplex structures-some of them were paralell-stranded, while others were anti-parallel-stranded. Pracoviště Biofyzikální ústav Kontakt Jana Poláková, polakova@ibp.cz, Tel.: 541 517 244 Rok sběru 2015
Počet záznamů: 1