Využití polymerázové řetězové reakce, PCR-RFLP techniky a sekvenační analýzy k determinaci homozygotů, vnitrodruhových heterozygotů a mezidruhových hybridů rodu Salvelinus v chovných zařízeních

0487175 - ÚBO 2018 RIV CZ cze L3 - Certifikované metodiky
Mendel, Jan - Halačka, Karel - Mareš, J.
Využití polymerázové řetězové reakce, PCR-RFLP techniky a sekvenační analýzy k determinaci homozygotů, vnitrodruhových heterozygotů a mezidruhových hybridů rodu Salvelinus v chovných zařízeních.
[Utilization of polymerase chain reaction, PCR-RFLP technique and sequence analysis for determination of homozygotes, intraspecific heterozygotes and interspecific hybrids of the genus Salvelinus in breeding facilities.]
Interní kód: R15/2017 ; 2017
Technické parametry: Metodika byla vydána v tištěné formě a má přiděleno ISBN 978-80-7509-514-5.
Ekonomické parametry: Ekonomický přínos metodiky vychází z předpokladu včasné druhové diagnostiky. Používání předloženého metodického postupu přináší zrychlení a zpřesnění druhové identifikace, což vede k zamezení ztrát plynoucích z druhové záměny. Je využitelná v moderních šlechtitelských programech, u čistokrevného chovu k obnově generačních hejn, atd. Geneticky kontrolovaný chov vede k vyšší efektivitě produkce. Metodika je určena pro rybochovná zařízení a recirkulační farmy s chovem lososovitých ryb, veterinární diagnostické laboratoře, univerzitní a vědecká pracoviště, komerční genetické laboratoře, laboratoře zemědělské a potravinové inspekce atd., jež řeší rychlou a spolehlivou determinaci jednotlivých druhů sivenů a jejich hybridů. Je využitelná v rámci i mimo ČR.
Certifikační orgán: Ministerstvo zemědělství ČR, Odbor státní správy lesů, myslivosti a rybářství, Těšnov 65/17, Praha 1, 110 00. Datum certifikace: 11.09.2017
Grant CEP: GA MZe QJ1510077
Klíčová slova: Salvelinus * PCR-RFLP technique * breeding facilities
Obor OECD: Fishery
http://www.rybarstvi.eu/pub%20rybari/metodika%20mendel.pdf

Cílem metodiky je poskytnout relevantní informace a spolehlivé nástroje k determinaci nejčastěji chovaných ryb rodu Salvelinus v ČR a v evropských státech. Metodika obsahuje optimalizovaný postup identifikace čtyř druhů (Salvelinus fontinalis, Salvelinus alpinus, Salvelinus umbla, Salvelinus namaycush) v homozygotním i heterozygotním stavu a v jejich hybridních kombinacích. Metodika popisuje aktuální stav identifikace uvedených druhů ryb v ČR včetně jejich nedostatků a současně navrhuje nové a spolehlivé řešení s využitím polymerázové řetězové reakce, restrikční techniky PCR-RFLP a sekvenace. Vizualizace a separace fragmentů je prováděna buď na agarózovém gelu anebo na přístroji Fragment AnalyzerTM.

The methodology provides relevant information and reliable instruments for determination of the most frequently bred fish of the genus Salvelinus in the Czech Republic and in European countries. It includes the optimized process of identification of four species (Salvelinus fontinalis, Salvelinus alpinus, Salvelinus umbla, Salvelinus namaycush) in the homozygous and heterozygous state and in their hybrid combinations. The methodology describes the present situation in identification of the above mentioned fish species in the Czech Republic including its drawbacks and at the same time proposes a new and reliable solution utilizing polymerase chain reaction, PCR-RFLP restriction technique and sequencing. Visualization and separation of diagnostic fragments is performed either on agarose gel or on the Fragment AnalyzerTM.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0281855