0306626 - ÚMG 2009 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Trachtulec, Zdeněk - Vlček, Čestmír - Mihola, Ondřej - Gregorová, Soňa - Fotopulosová, Vladana - Forejt, Jiří
Fine haplotype structure of a chromosome 17 region in the laboratory and wild mouse.
[Jemná haplotypová struktura oblasti chromosomu 17 u laboratorní a divoké myši.]
Genetics. Roč. 178, č. 3 (2008), s. 1777-1784. ISSN 0016-6731. E-ISSN 1943-2631
Grant CEP: GA AV ČR IAA5052406; GA ČR GA301/05/0738; GA MŠMT(CZ) 1M0520
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50520514
Klíčová slova: haplotype * hybrid sterility
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
Impakt faktor: 4.002, rok: 2008

Strong linkage disequilibrium among classical laboratory (CL) strains represents an obstacle in the haplotype mapping of mouse quantitative trait loci (QTL). To determine the potential of wild-derived (WD) mouse strains for fine QTL mapping, we constructed a haplotype map of a 250-kb region of the t-complex on Chromosome 17 containing the Hybrid sterility 1 (Hst1) gene. We resequenced 33 loci from up to 80 chromosomes of 5 mouse (sub)species. Trans-species single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were rare between Mus m. musculus (Mmmu) and Mus m. domesticus (Mmd). The haplotypes in Mmmu, Mmd, and t-chromosomes differed and thus should not be combined for haplotype mapping. Only a subset of SNPs and rearrangements found in CL strains were useful for haplotype mapping in wild Mmd. The largest Mmd haplotype block contained 3 genes of a highly conserved synteny. The Mmd haplotype blocks were tens of kb, suggesting that the WD Mmd strains are suitable for fine interval-specific mapping.

Při haplotypovém mapování myších kvantitativních znaků pomocí klasických laboratorních kmenů (CL) je překážkou silná vazebná nerovnováha. Zkoumali jsme proto potenciál myších kmenů recentně odvozených z divokých myší (WD). Zkonstruovali jsme haplotypovou mapu oblasti o velikosti 250 kb z t-komplexu na chromosomu 17. Tato oblast obsahuje gen Hybrid sterility 1 (Hst1). Resekvenovali jsme 33 lokusů z až 80 chromosomů pěti myších (pod)druhů. Trans-speciační jednonukleotidové polymorfismy (SNP) mezi Mus m. musculus (Mmmu) a Mus m. domesticus (Mmd) byly vzácné. Haplotypy v Mmmu, Mmd a t-chromosomech se lišily, a neměly by proto být kombinovány při haplotypovém mapování. Pouze část SNPů a přeskupů DNA nalezených v CL kmenech byla použitelná pro haplotypové mapování v Mmd. Největší haplotypový blok u Mmd pokrýval 3 geny konzervované syntenie. Haplotypové bloky u Mmd byly dlouhé desítky kb, což ukazuje, že WD Mmd kmeny jsou vhodné pro jemné intervalové mapování.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0159599