0104661 - BFU-R 20043043 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Lukášová, Emilie - Kozubek, Stanislav - Falk, Martin - Kozubek, Michal - Žaloudík, J. - Vagunda, V. - Pavlovský, Z.
Topography of genetic loci in the nuclei of cells of colorectal carcinoma and adjacent tissue of colonic epithelium.
[Topografie genetických lokusů v jádrech buněk karcinomu tlustého střeva a v přilehlé tkáni střevního epitelu.]
Chromosoma. Roč. 112, č. 5 (2004), s. 221-230. ISSN 0009-5915. E-ISSN 1432-0886
Grant CEP: GA MZd NC6987; GA MŠMT ME 565; GA AV ČR IAA1065203; GA AV ČR IAA5004306; GA ČR GA202/02/0804; GA ČR GA202/01/0197
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z5004920
Klíčová slova: gene expression * bacterial artificial chromosome (BAC) * chromatin structure
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 2.714, rok: 2004

To determine the influence of increased gene expression and amplification in colorectal carcinoma on chromatin structure, the nuclear distances between pairs of bacterial artificial chromosome (BAC) clones with genomic separation from 800 to 29,000 kb were measured and compared between the tumor and parallel epithelial cells of six patients. The nuclear distances were measured between the loci in chromosomal bands 7p22.3-7p21.3; 7q35-7q36.3; 11p15.5-11p15.4; 20p13; 20p12.2; 20q11.21 and 20q12 where increased expression had been found in all types of colorectal carcinoma. The loci were visualized by three-dimensional fluorescence in situ hybridization using 22 BAC clones. Our results show that for short genomic separations, mean nuclear distance increases linearly with increased genomic separation. The results for some pairs of loci fell outside this linear slope, indicating the existence of different levels of chromatin folding.

Byly měřeny jaderné vzdálenosti mezi páry lokusů s genomickou separací od 800 do 29 000 kb v buňkách karcinomu tlustého střeva a přilehlého střevního epitelu za účelem zjištění vlivu zvýšené exprese a amplifikace genů v buňkách karcinomu u šesti pacientů. Jaderné vzdálenosti byly měřeny mezi lokusy v chromosomálních pásech p22.3-7p21.3; 7q35-7q36.6; 11p15.5-11p15.4; 20p13; 20p12. 20q11.21 a 20q12, v nichž byla zjištěna zvýšená exprese genů u všech typů karcinomu tlustého střeva. Lokusy byly zviditelněny pomocí třírozměrné fluorescenční in situ hybridizace s použitím 22 značených BAC klonů. Naše výsledky ukazují, že střední jaderné vzdálenosti se zvyšují lineárně se zvyšující se genomickou separací do 2 kb v obou typech tkání. Tato závislost má však jiný sklon pro vzdálenosti mezi některými páry lokusů, což ukazuje existenci rozdílných hladin kompaktnosti chromatinu ve specifických lokusech.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0011927