0604416 - ÚVGZ 2025 RIV CZ eng L4 - Software
Zavřel, Tomáš
CyanoTools 1.0: Advanced Data Analysis Tools for Microalgae Research.
Interní kód: CyanoTools ; 2024
Technické parametry: K realizaci byl využit programovací jazyk Python a jeho nadstavba Flask. Webové rozhraní využívá HTML, CSS s Java Script. Zdrojová data jsou očekávána ve výstupním standardu přístrojů firmy PSI, Walz, Jasco a dalších Konkrétně jsou podporovány vstupy ve formátech .csv, .txt a obrazové formáty .png, .jpg, .jpeg, .tif, .tiff, .bmp a .gif. Výstupy jsou buď obrazové formáty, nebo .xlsx soubory. Technická dokumentace výsledku je k dispozici na adrese: https://github.com/Zastupic/tools-py.e-cyanoba cterium.org.
Ekonomické parametry: Nástroj umožňuje provádět analýzu pigmentových profilů, počtu a velikosti buněk mikrořas z mikroskopických fotek. Dále umožňuje v režimu vyšší průchodnosti zpracovat data z fluorescenčního spektrofluorometru a kinetických fluorometrů, čímž umožňuje v průměru 80% zkrácení časových nároků na datovou analýzu. K dnešnímu dni bylo celosvětově prodáno více než 2000 zařízení AquaPen / FluorPen, 500 zařízení Multi-Color PAM / Dual PAM a nespočet mikroskopů, na jejichž datové výstupy lze nástroj použít.ových nároků na datovou analýzu. K dnešnímu dni bylo celosvětově prodáno více než 2000 zařízení AquaPen / FluorPen, 500 zařízení Multi-Color PAM / Dual PAM a nespočet mikroskopů, na jejichž datové výstupy lze nástroj použít.
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LUAUS24149
Institucionální podpora: RVO:86652079
Klíčová slova: pam fluorometry * microscopy * fluorescence spectroscopy * calculators * microalgae * biotechnology * data science * algorithms * tidy data
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Web výsledku:
https://tools-py.e-cyanobacterium.org/

Interactive web application for advanced processing and analysis of data generated in the laboratory working with microalgae. The tools enable analysis of data generated on transmission, fluorescence and confocal microscopes, excitation-emission spectrofluorometers and kinetic fluorometers. The tools were developed for the analysis of cell number and cell size from photos acquired by transmission or fluorescence microscopes, and for the evaluation of pigment profiles of cells along the circumference (round cells) or cross-section (elongated or chain cells) from photos acquired by confocal microscopes. The tools also allow analysis of a series of files generated on Photon Systems Instruments (PSI), Walz and Jasco instruments. Specifically, the tool enables advanced analysis of up to 50 files (in each run) of excitation-emission maps generated on the Jasco FP-8500 instrument, according to user settings. For Multi-Color PAM, Dual PAM (Walz) and AquaPen and FluorPen (PSI) fluorometers, the tool allows advanced analysis of up to 50 files generated within three main measurement modes: OJIP kinetics, light curves and Kautsky kinetics. The tool also offers several simple calculators for calculating specific growth rate, concentration of dissolved in water or a ratio of gases required for preparing a gas mixture of required composition.
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0361814