IDEIS – identification of isoforms

0579452 - ÚMG 2024 RIV CZ eng L4 - Software
Michálik, Juraj - Štěpánek, Ondřej
IDEIS – identification of isoforms.
Interní kód: IDEIS01 ; 2023
Technické parametry: IDEIS je soubor skriptů napsán v jazyce Python a R. Je určen pro single-cell RNA data genové exprese získaných sekvenací knihoven generovaných za pomoci 10X Chromium Single Cell 5’ Kitů. Ze seznamu exonů a pravidel na konstrukci umelých “transkriptů” skripty vyhotoví co nejvhodnejší “transkriptom” pro určení isoforem CD45/PTPRC, na který jsou pak mapovány ready za využití externího programu Salmon Alevin. Data jsou pak zpracovány v R pro co nejsnadnější manipulaci pri dalších analýzách. Tento software umožňuje analýzu isoforem bez nutnosti další úpravy experimentu. Licence bude poskytnuta formou CC-BY-4.0. E-mail: juraj.michalik@img.cas.cz
Ekonomické parametry: Úspora nákladů na sekvenačním kitu a protilátkach v hodnotě 20 000 Kč na experiment. Úspora času při přípravě označování buněk protilátkami během přípravy single-cell experimentů nevyžadujících jiné protilátky a jejich následné analýzy v hodnotě cca. 20 človekohodin na experiment.
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: Ptprc * CD45 * isoforms * scRNAseq * 10X * 5’ Libraries
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
https://github.com/Lab-of-Adaptive-Immunity/IDEIS

IDEIS is tool for identification of isoforms of gene PTPRC/CD45 for single-cell RNA data of gene expression obtained by sequencing libraries generated by using 10X Chromium Single Cell 5’ Kits and processed by 10X Cell Ranger. Its main use case is on human data to identify immune cell subtypes, but it might be also applied to data obtained from mice and other organisms (using custom references, which are supported). Its use on data obtained sequencing gene expression libraries generated using 10X Chromium Single Cell 3’ Kits is limited. The main advantage of this software is the identification of isoforms without using CITE-seq protocols requiring antibody staining of CD45 isoforms, simplifying the experiment and allows the application of software on previously processed data, where CITE-seq was not applied.
Trvalý link: https://hdl.handle.net/11104/0348256