Molekulární kit pro časnou detekci kritických mikrobiálních kontaminant řasových kultur

0558737 - BFÚ 2022 RIV CZ cze L - Prototyp, funkční vzorek
Kajan Grodecká, Lucie - Mašek, Jan - Hubinský, Marcel - Rodriguez Lorenzo, José Luis - Hrouzek, Pavel - Galica, Tomáš - Přibyl, Pavel - Lukavský, Jaromír
Molekulární kit pro časnou detekci kritických mikrobiálních kontaminant řasových kultur.
[Molecular kit for early detection of microbial contaminations in algae cultures.]
Interní kód: TN01000048/3-V13 ; 2022
Technické parametry: Funkční vzorek spočívá v nově vyvinuté a optimalizované metodě PCR v reálném čase (qPCR) se sekvenčně specifickými sondami typu TaqMan. Celkem sedm sad specifických primerů a sond umožňuje senzitivní a specifickou detekci kritických kontaminant běžně kultivovaných mikrořas. Cílem detekce (amplifikace) je mnohakopiový gen 18S rDNA. Efektivita reakcí se pohybuje nejčastěji mezi 95 a 105 %, limit detekce je, s výjimkou dvou případů, mezi 6 a 200 molekulami v reakci. Byla vytvořena plazmidová kontrola izolace DNA s vlastní optimalizovanou reakcí.
Ekonomické parametry: Výrobek je použitelný v biotechnologických provozech jako prevence proti kontaminacím. Využitím se zvýší zajištění bezpečnosti a ochrany provozu.
Grant CEP: GA TA ČR(CZ) TN01000048
Institucionální podpora: RVO:68081707 ; RVO:61388971 ; RVO:67985939
Klíčová slova: microalgae * biological contaminants * early detection * qPCR
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Biochemistry and molecular biology (MBU-M); Biochemistry and molecular biology (BU-J)

V rámci projektu BIOCIRTECH byl vytvořen molekulární kit pro včasnou detekci
mikrobiálních kontaminant řasových kultur. Cílem bylo získat vysoce citlivou metodu
s relativně nízkou časovou náročností na provedení, proto byla zvolena metoda real-time
PCR (též kvantitativní neboli qPCR) s cílenou detekcí širokého spektra řasových
kontaminantů. Metodou lze detekovat buď širší skupiny kontaminantů (Chlorophyta,
SAR), nebo konkrétní nižší taxony (Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Labyrintula,
Rotifera, Euplaesiobystra, Chlorella). Kit je koncipován tak, aby byl využitelný univerzálně
pro řadu běžně kultivovaných mikrořas (Haematococcus, Chlorella, Phaeodactylum,
Scenedesmus, Dunaliella) a aby byl modulární. V tomto ohledu výběr konkrétních
detekčních reakcí spočívá na uživateli: může testovat všechny v kitu dostupné
kontaminanty, nebo si může vybrat jen určité reakce pro konkrétní skupinu
předpokládaných kontaminant.

During the implementation of the BICORTECH project, we developed a molecular kit providing early detection of microbial contaminants in algae cultivations. Our goal was to create a highly sensitive method with reasonable time demands. Therefore, we have optimized a set of real-time PCRs (quantitative PCR, qPCR) able to detect a variety of biological algae contaminants. With the kit, users can aim at the detection of a wider taxonomy group of contaminants (Chlorophyta, SAR) or, more particular, lower taxons (Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Labyrintula, Rotifera, Euplaesiobystra, Chlorella). The kit was optimized for most universal use in several routinely cultivated microalgae (Haematococcus, Chlorella, Phaeodactylum, Scenedesmus, Dunaliella)as well as to be modular. To this end, users can choose the reaction set to be used: they can analyze their samples for all the potential contaminants available in the kit or they can choose any subset of the herein described reactions for particular contaminants.

Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0332319