Ověřená technologie přípravy komponent soupravy pro zjednodušenou kvantifikaci genové exprese

0540516 - ÚMG 2021 RIV CZ cze Z - Poloprovoz, ověřená technologie, odrůda/plemeno
Tůmová, Magda - Dráber, Petr - Dráber, M.
Ověřená technologie přípravy komponent soupravy pro zjednodušenou kvantifikaci genové exprese.
[Verified technology for preparation of kit components for simplified quantification of gene expression.]
Interní kód: R-qPCR COMP ; 2020
Technické parametry: Jedná se o technologii přípravy reakčních směsí vhodných pro kvantifikaci RNA pomoci R-qPCR. Reakční směsi musí vykazovat vzájemnou kompatibilitu, aby byly použitelné v jedno-zkumavkovém formátu, který zahrnuje hybridizaci DNA sond na studovanou RNA (mRNA, virovou RNA a další) v roztoku H, následnou ligaci DNA sond zakotvených na RNA v roztoku L a poté kvantifikace ligovaných molekul pomocí qPCR za použití interkalačních barviv v roztoku I, nebo hydrolyzačních sond v roztoku S. Kompatibilita jednotlivých etap procesu R-qPCR byla výsledkem kombinace unikátních reagens, které jsou specifikovány v přihlášce vynálezu z tohoto projektu a z části vycházejí z publikace jednoho z řešitelů tohoto projektu (P.D, 1,2-propanediol-trehalose mixture as a potent quantitative real-time PCR enhancer, BMC Biotechnology 11:414, 2011).
Ekonomické parametry: Jedná se o technologii přípravy reakčních směsí využitelných pro R-qPCR. Tato technologoie bude využita při přípravě souprav s prodejem na domácím trhu v objemu jednotek 1000 ks ročně na domácím trhu s prodejem z domácího trhu v jednotkách miliónů Kč.
Grant CEP: GA MPO FV20479
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: Quantification of gene expression * DNA ligase * quantitattive polymerase chain reaction * enhancers of PCR and DNA ligation
Obor OECD: Human genetics

V rámci tohoto projektu byla vyvinuta technologii přípravy reakčních směsí vhodných pro kvantifikaci RNA pomoci R-qPCR. Reakční směsi musí vykazovat vzájemnou kompatibilitu, aby byly použitelné v jedno-zkumavkovém formátu, který zahrnuje hybridizaci DNA sond na studovanou RNA (mRNA, virovou RNA a další) v roztoku H, následnou ligaci DNA sond zakotvených na RNA v roztoku L a poté kvantifikace ligovaných DNA sond pomocí qPCR za použití interkalačních barviv v roztoku I, nebo hydrolyzačních sond v roztoku S. Kompatibilita jednotlivých etap procesu R-qPCR byla výsledkem kombinace unikátních reagens, které jsou specifikovány v přihlášce vynálezu z tohoto projektu a z části vycházejí z publikace jednoho z řešitelů tohoto projektu (P.D., 1,2-propanediol-trehalose mixture as a potent quantitative real-time PCR enhancer, BMC Biotechnology 11:414, 2011). Ověřená technologie bude využita při přípravě souprav pro stanovení specifických RNA nebo souprav univerzálních pro jakoukoliv RNA o známé sekvenci. V obou případech bude možné uvažovat o detekci studované RNA pomocí interkalačních barviv typu SYBR nebo hydrolyzačních sond typu TaqMan. Soupravy na bázi ověřené technologie budou vyráběny ve společnosti Top-Bio, s.r.o., sídlící ve Vestci, Průmyslová 596, PSČ 25250, která se podílela na řešení projektu.

Within this project, a technology for the preparation of reaction mixtures suitable for RNA quantification using R-qPCR was developed. Reaction mixtures must be compatible with each other to work correctly in a single-tube format that involves hybridization of DNA probes to the RNA under study (mRNA, viral RNA, or others) in solution H, subsequent ligation of DNA probes anchored to RNA in solution L, and then quantification of ligated DNA probes by qPCR using intercalation dyes in a solution I, or hydrolysis probes in solution S. The compatibility of individual stages of the R-qPCR process was the result of a unique combination of high-quality reagents, which are specified in the application of this project and are partly based on the publication of one of the researchers. (P.D., 1,2-propanediol-trehalose mixture as a potent quantitative real-time PCR enhancer, BMC Biotechnology 11: 414, 2011). The technology will be used to prepare kits to determine specific RNAs or universal kits for any RNA with a know sequence. In both cases, it will be possible to consider the detection of the studied RNA using SYBR-type intercalation dyes or TaqMan-type hydrolysis probes. The kits based on proven technology will be manufactured in the company Top-Bio, s.r.o., based in Vestec, Průmyslová 596, postal code 25250, which participated in the project.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0318138