Univerzální souprava R-qPCR s využitím hydrolyzační sondy

0540335 - ÚMG 2021 RIV CZ cze L - Prototyp, funkční vzorek
Tůmová, Magda - Dráber, Petr - Dráber, M.
Univerzální souprava R-qPCR s využitím hydrolyzační sondy.
[Universal kit for R-qPCR with hydrolysis probe.]
Interní kód: R-qPCR-HYDROLYSIS PROBE ; 2020
Technické parametry: Jedná se o univerzální soupravu R-qPCR s využitím hydrolyzačních sond. Souprava obsahuje 1) HL pufr pro hybridizaci a ligaci, 2) R-qPCR Master Mix pro použití s hydrolyzační sondou a 3) DNA ligázu (SplintR). Souprava neobsahuje DNA sondy, amplifikační primery a hydrolyzační sondu, ale obsahuje návod na navržení optimálních DNA sond. Soupravu bude vyrábět Top-Bio, s.r.o., sídlící ve Vestci, Průmyslová 596, PSČ 25250, která se podílela na řešení projektu.
Ekonomické parametry: Univerzálních R-qPCR souprav s využitím hydrolyzační sondy se může ročně prodat až několik tisíc kusů ročně se ziskem z domácího trhu v jednotkách miliónů Kč.
Grant CEP: GA MPO FV20479
Institucionální podpora: RVO:68378050
Klíčová slova: Quantification of gene expression * DNA ligase * quantitattive polymerase chain reaction * enhancers of PCR and DNA ligation
Obor OECD: Human genetics

V rámci projektu MPO TRIO byla vyvinuta nová zjednodušená univerzální metoda pro kvantifikaci exprese genů. Metoda spočívá ve vazbě specifických DNA oligonukleotidových sond na templátovou RNA, ligaci DNA sond vázaných na mRNA pomocí DNA ligázy a následné aplifikaci ligovaných úseků DNA pomocí qPCR. Byly vyvinuty pufrované roztoky s aditivy, které umožňují provést hybridizaci, ligaci i qPCR v jedné zkumavce. Tato metoda byla využita pro přípravu prototypu univerzální soupravu mRNA. Souprava obsahuje všechny komponenty nutné pro kvantifikaci vybrané mRNA, včetně návodu na navržení specifických oligonukleotidových sodn, ligaci a amplifikaci ligovaných fragmentů pomocí qPCR s využitím interkalačního barviva SYBR Green 1. Dvojice oligonukleotidových sond specifických pro uživatelem zvolenou mRNA, amplifikační DNA primery a hydrolyzační próby nejsou součástí soupravy.

Within this project, a new simplified method for quantification of gene expression was developed. This method consists of binding specific DNA oligonucleotide probes with mRNA, ligating DNA probes bound to mRNA by DNA ligase, and then amplifying the ligated DNA segments with qPCR. Buffered solutions with additives have been developed that allow hybridization, ligation and qPCR to be performed in a single tube. A kit for the determination of user selected mRNA has been designed. The kit contains all the necessary components for the quantification of gene expression from isolated RNA, including instructions for design of specific oligonucleotide primers, enzymes needed for ligation and amplification of ligated fragments by qPCR using hydrolysis probes. Oligonucleotide DNA probes specific for selected mRNAs, amplification DNA primers, and hydrolysis probes are not included in the kit.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0317978