Extrakce proteinů extracelulárních váčků pro proteomické analýzy

0524422 - ÚŽFG 2021 RIV CZ cze Z - Poloprovoz, ověřená technologie, odrůda/plemeno
Červenka, Jakub - Kupcová Skalníková, Helena - Novák, Jaromír - Tylečková, Jiřina - Vodička, Petr
Extrakce proteinů extracelulárních váčků pro proteomické analýzy.
[Extraction of extracellular vesicle proteins for proteomic analyzes.]
Interní kód: Extrakce proteinů ; 2020
Technické parametry: Předložená technologie „Extrakce proteinů extracelulárních váčků pro proteomické analýzy“ poskytuje spolehlivé a reprodukovatelné výsledky hmotnostně spektrometrických analýz proteinového složení extracelulárních váčků. Tato technologie poskytuje větší množství identifikovaných proteinů extracelulárních váčků než dosud používané technologie.
Ekonomické parametry: Aktuální roční ekonomický přínos pro pracoviště autora se pohybuje v řádu jednotek stovek tisíc na ušetření za komerčně dostupné technologie s podobnou, ačkoliv nižší výtěžností. Samotné využití technologie navíc umožňuje realizovat vědeckovýzkumné projekty financované mimo jiné z komerčních zdrojů v hodnotách jednotek milionů ročně. Celkový přínos je stejný nebo nižší než 5 milionů Kč za rok.
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LO1609
Institucionální podpora: RVO:67985904
Klíčová slova: extracellular vesicle protein extraction
Obor OECD: Biochemical research methods

V této ověřené technologii zaměřené na extrakci proteinů extracelulárních váčků pro proteomické analýzy je popsán nový a optimalizovaný protokol pro přípravu vzorků pro analýzy pomocí hmotnostní spektrometrie (MS). Technologie zahrnuje postup lyzace extracelulárních váčků a extrakce proteinů, odstranění detergentů a jiných látek, které by mohly interferovat s analýzou MS, redukci a alkylaci proteinů a následné enzymatické štěpení proteinů na peptidy. Uvedená technologie poskytuje při srovnání s jinými testovanými detergenty největší výtěžek proteinů při lyzaci extracelulárních váčků a největší výtěžnost peptidů po enzymatickém štěpení. S tím souvisí také vysoký počet identifikovaných peptidů a proteinů v rámci LC-MS/MS analýz. Předností této technologie je rovněž její vysoká reprodukovatelnost a robustnost. Ověřená technologie je výsledkem projektu MŠMT LO1609 „Modely závažných lidských onemocnění: Traumatické poškození míchy, Huntingtonova choroba, melanom a neplodnost“.

This proven technology for extracellular vesicle protein extraction for proteomic assays describes a new and optimized protocol for sample preparation for mass spectrometry (MS) analysis. The technology involves the process of lysing extracellular vesicles and extracting proteins, removing detergents and other substances that could interfere with MS analysis, reducing and alkylating proteins, and then enzymatically cleaving proteins into peptides. Compared to other detergents tested, this technology provides the highest yield of proteins when lysing extracellular vesicles and the highest yield of peptides after enzymatic cleavage. This is also related to the high number of identified peptides and proteins in LC-MS / MS analyzes. The advantage of this technology is also its high reproducibility and robustness. The proven technology is the result of the MEYS LO1609 project 'Models of serious human diseases: Traumatic spinal cord injury, Huntington's disease, melanoma and infertility'.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0308781