S7iFish software

0521086 - ÚBO 2020 RIV CZ eng L4 - Software
Mendel, Jan
S7iFish software.
Interní kód: S7iFish ; 2019
Technické parametry: Software má uživatelskou a administrátorskou část. Je vyvinut především v anglické verzi. Je spustitelný na přístrojích s operačním systémem Win/Mac, ve všech používaných web prohlížečích a také na mobilních zařízeních. S7ifish je webová aplikace programovaná v jazyce PHP 7 a běží na databázi MySQL 5. Jádro je postaveno na Zend Frameworku, což je oblíbený framework pro vývoj v PHP a frontend využívá technologií HTML5 a CSS3. Aplikace je provozovaná na linuxovém serveru v prostředí webového serveru Apache a v mobilním prohlížeči jako webová stránka. V aplikaci je integrováno mapové rozhraní pomocí API dostupného od Google maps. Má modulární strukturu, kde jednotlivé moduly spolu kooperují. Software pracuje v neregistrovaném a v registrovaném módu. Neregistrovaní zákazníci mohou využívat pouze omezenou verzi aplikace s přístupem jen do prvního modulu a možnosti využití jen některých funkcionalit, jako např. filtr, určení sekvenční shody/neshody, přístup k některým informacím z e-voucheru, prohlížení si virtuálních gelů metody S7iCAPS, sledování aktuálního Data portálu S7iFish, atd. Je zachován i úplný přístup do komerční sekce. Registrovaní zákazníci mají přístup do celého systému a mohou využívat všech funkcionalit aplikace. Pro vstup do jednotlivých modulů je vedle registrace třeba i povolení od správce sw. Jednotlivé moduly jsou provázány s komerční sekcí, kde si klient v jednotlivých formulářích může objednat buď DNA servis s nabízenými balíčky služeb, anebo komerční determinační soupravy pro různé druhy a druhové kombinace. Přístup k softwaru je zpoplatněn buď ve vázané formě (s komerční soupravou nebo DNA servisem), anebo nevázaně v podobě časově a prostorově omezených vstupů (jednorázové, institucionální - roční, atd.). Software je postaven na evropském patentu s velkým potenciálem dalšího rozvoje. V současnosti databáze S7iFish obsahuje reference k >200 taxonům a jejich hybridům především z Evropy. Ale výhledově je počítáno s rozšířením o data z dalších kontinentů. Aplikace je konstruována jako otevřená platforma s koordinovanou organizací a kontrolou dat. Tzn., že po registraci může být doplňována odbornými kolegy z jiných národních i zahraničních institucí, ale finální kontrola spolehlivosti vložených dat provádí softwarová podpora zřizovatele a provozovatele Ústavu biologie obratlovců, v. v. i. Pro označení softwaru S7iFish byla pořízena ochranná známka na Úřadu průmyslového vlastnictví v Praze. Zápis OZ byl proveden 19. 2. 2020 a nese číslo 378045. Ochrana systému je zajištěna autorskými právy ©, které vznikly okamžikem vzniku díla. Webová aplikace je provozována jako web hosting na adrese: http://s7ifish.cz.juno01.vas-server.cz/. V budoucnu bude software provozovaný na vlastním serveru Ústavu biologie obratlovců. Adresa pro nabytí licence k softwaru: Jan Mendel, Ústav biologie obratlovců, v. v. i., Květná 8, 603 65 Brno, Česká republika, jmendel@seznam.cz
Ekonomické parametry: Předpokládané ekonomické parametry vychází ze spolehlivé identifikace druhu, hybrida nebo linie chovaném ve volné přírodě nebo v chovném systému. Příklad: Akvakultura - chov lososovitých ryb. Nejvýznamnější je výběr vhodné linie k chovu v systému vystavenému tlaku původců onemocnění, např. proliferativní onemocnění ledvin (PKD) a furunkulóza. V našich podmínkách bývá morbidita u vnímavé obsádky většinou 100 % a mortalita ryb v intenzivních chovech spojená s PKD se pohybuje kolem 30 %. Byly prokázány rozdíly v odolnosti lososovitých ryb vůči PKD nejen v rámci druhů, ale i v rámci jednotlivých linií. Pro ekonomické zhodnocení lze tak modelově využít produkční farmu s produkcí 100 tun tržních ryb ročně. Při realizační ceně 130,- Kč za kg tržních ryb se jedná o příjem na úrovni kolem 13 mil. Kč ročně. Rozdíly ve ztrátách způsobených onemocněním PKD byly u sivenů různého původu na úrovni kolem 5 %, u pstruha duhového pocházejícího ze zahraniční dokonce na úrovni kolem 25 % v závislosti na jeho genetickém profilu.
Grant CEP: GA TA ČR TG03010048
Klíčová slova: software * S7iFish database * fish determination * biodiversity * fish farming * DNA service
Obor OECD: Fishery
http://s7ifish.cz.juno01.vas-server.cz/

S7iFish software is a web application for mapping fish diversity in nature and aquaculture. It uses standardized short genetic markers in an organism’s nDNA (nuclear sequences and microsatellites) to identify particular species and strains. DNA samples are identified to registered species/strains based on comparisons to reference libraries.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0306505