Mezidruhová variabilita gastrointestinální mikrobioty pěvců na úrovni bakteriálních rodů

0471421 - ÚBO 2017 CZ cze A - Abstrakt
Kubovčiak, J. - Kropáčková, L. - Albrecht, Tomáš - Těšický, M. - Martin, J.-F. - Kreisinger, J.
Mezidruhová variabilita gastrointestinální mikrobioty pěvců na úrovni bakteriálních rodů.
Zoologické dny Brno 2017: sborník abstraktů z konference 9.-10. února 2017. Brno: Ústav biologie obratlovců AV ČR, 2017 - (Bryja, J.; Horsák, M.; Horsáková, V.; Řehák, Z.; Zukal, J.). s. 115-116. ISBN 978-80-87189-21-4.
[Zoologické dny. 09.02.2017-10.02.2017, Brno]
Institucionální podpora: RVO:68081766
Klíčová slova: Passerine birds * microbiota
Kód oboru RIV: EG - Zoologie

Trávicí trakt obratlovců přirozeně hostí komplexní komunity mikroorganismů. Tato střevní mikrobiota (GM) se skládá z miliard bakteriálních buněk úzce interagujících s fyziologickými funkcemi hostitelova organismu. Cílem této studie je analyzovat GM volně žijících druhů pěvců a identifikovat potenciální trendy v jeho složení. Dílčím cílem je ověření hypotézy, že různé druhy pěvců hostí v rámci jednotlivých bakteriálních rodů odlišné složení GM. Důkaz tohoto jevu je navíc důležitým předpokladem pro potvrzení konceptu vzájemné koevoluce mezi hostiteli a jejich GM.
Pomocí platformy Illumina MiSeq byly sekvenovány amplikony bakteriálního genu 16s rRNA pocházejících ze vzorků trusu 486 jedinců reprezentujících 57 druhů z České republiky. Pro výpočetní zpracování dat byl použit netradiční přístup, kdy byl analyzovaný soubor amplikonů nejprve klasifikován podle taxonomické příslušnosti sekvencí do bakteriálních rodů a následně byly sekvence dominantních rodů separátně klastrovány de novo paralelně čtyřmi klastrovacími algoritmy (CD-HIT, Swarm Oligotyping a Minimum Entropy Decomposition). Mezidruhová variabilita byla hodnocena metodou analýzy rozptylu pro mnohorozměrná data na základě vzájemné podobnosti vzorků ve výskytu bakteriálních jednotek příslušných rodů GM. Bylo prokázáno, že podstatná část množství bakteriálních rodů vykazuje signifikantní rozdíly ve složení v závislosti na druhové příslušnosti hostitele, tedy že pro jednotlivé hostitelské druhy pěvců existuje v rámci těchto rodů specifické složení GM. Tato závislost je patrná především u rodů Commensalibacter, Helicobacter a Candidatus Arthromitus. Pozorovaný jev může být způsoben ekologickými interakcemi mezi hostiteli a složkami jejich GM, které mohly vést ke koevoluci hostitele a jeho GM a tedy i vzniku druhové specifity. Ověření této hypotézy je předmětem následujícího výzkumu.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0268815