TwoPhotonProcessor - programový balík pro zpracování dat zobrazování vápníkových proudů in vivo

0373516 - ÚEM 2012 RIV CZ cze L4 - Software
Tomek, J. - Novák, Ondřej - Syka, Josef
TwoPhotonProcessor - programový balík pro zpracování dat zobrazování vápníkových proudů in vivo.
[TwoPhotonProcessor - software package for processing of in vivo calcium imaging data.]
Interní kód: TPP-1 ; 2011
Technické parametry: Programový balík pro zpracování dat zobrazování vápníkových proudů in vivo. Software je psaný jako provázané funkce v prostředí MATLAB. Pro běh programového balíku je nutné jádro MATLAB a Image Processing Toolbox (The MathWorks, Inc.)
Ekonomické parametry: Vytvořený programový balík umožňuje plně automatické zpracování dat vápníkových signálů z neuronových sítí a originálním způsobem koriguje pohybové artefakty. V některých částech tohoto procesu je algoritmizace nezbytná, v jiných částech šetří mnoho hodin lidské práce při získávání receptivních polí jednotlivých neuronů.
Grant CEP: GA ČR GA309/07/1336
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50390512; CEZ:AV0Z50390703
Klíčová slova: two-photon * processing * software
Kód oboru RIV: FH - Neurologie, neurochirurgie, neurovědy

Softwarový balík může sloužit jako nástroj pro zpracování dat z in vivo calcium imagingu. Z naměřených dat lze v programu dále vytvořit např. receptivní pole a post-stimulační histogramy pro jednotlivé neurony. Softwarový balík byl optimalizován pro použití pro měření ve sluchové kůře drobných hlodavců, může být ale využit i pro měření v jiných částech CNS.

The software package can serve as a processing tool for data from in vivo calcium imaging. Neuronal receptive fields, post-stimulation histograms and astrocyte calcium data can be taken as an output. The software was optimized for usage in auditory cortex, but it is possible to use it in other parts of the CNS as well.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0206604