Length of the hypermutation motif DGYW/WRCH in the focus of statistical limits. Implications for a double-motif or extended motif recognition models

0313704 - MBÚ 2009 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kubrycht, J. - Sigler, Karel
Length of the hypermutation motif DGYW/WRCH in the focus of statistical limits. Implications for a double-motif or extended motif recognition models.
[Délka hypermutačního motivu DGYW/WRCH ve světle statistických hranic. Význam pro dvojmotivové nebo rozšířené modely rekognice.]
Journal of Theoretical Biology. Roč. 255, - (2008), s. 8-15. ISSN 0022-5193. E-ISSN 1095-8541
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50200510
Klíčová slova: cytidine deaminase * hypermutation * immunogloulin
Kód oboru RIV: EE - Mikrobiologie, virologie
Impakt faktor: 2.454, rok: 2008

The motif DGYW/WRCH (Mh) and its simplified derivative GYW/WRC (Mhs) are involved in immunoglobulin (Ig) hypermutation. Both these motifs appear to be markedly shorter than the corresponding conventionally predicted minima of valid sequence lengths (MVSL). Such disagreement indicates considerably low information content in Mh and Mhs when evaluating these motifs as alphabetical structures (words). Interestingly, both Mh and Mhs dimers or pairs of closely located Mh or Mhs achieve confirmation of length validity in the case of w Ľ 0.05, suggesting thus double-motif recognition as one of statistically consistent explanations

Motiv DGYW/WRCH (Mh) a jeho zjednodušený derivát GYW/WRC (Mhs) se účastní hypermutací immunoglobulinů (Ig). Oba motivy jsou podstatně kratší, předpovězená minima sekvenčních délek (MVSL). Tento rozdíl naznačuje nízký informační obsah Mh a Mhs. Dimery Mh a Mhs mají vyšší informační obsah, což ukazuje na dvojmotivovou rekognici jako statisticky plausibilní vysvětlení
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0164440