A RecB-family nuclease motif in the Type I restriction endonuclease EcoR124I

0311266 - MBÚ 2009 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Šišáková, Eva - Stanley, L. K. - Weiserová, Marie - Szczelkun, M. D.
A RecB-family nuclease motif in the Type I restriction endonuclease EcoR124I.
[Nukleázový motiv RecB-rodiny u restrikční endonukleázy Typu I EcoR124I.]
Nucleic Acids Research. Roč. 36, č. 12 (2008), s. 1-11. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR GA204/07/0325
Grant ostatní: XE(XE) BioNano-Switch 043288
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50200510
Klíčová slova: restriction endonuclease * mutagenesis * dsdna
Kód oboru RIV: EE - Mikrobiologie, virologie
Impakt faktor: 6.878, rok: 2008

The Type I restriction-modification enzyme EcoR124I is an ATP-dependent endonuclease that uses dsDNA translocation to locate and cleave distant non-specific DNA sites. Bioinformatic analysis of the HsdR subunits of EcoR124I and related Type I enzymes showed that in addition to the principal PD-(E/D)xK Motifs, I, II and III, a QxxxY motif is also present that is characteristic of RecB-family nucleases. The QxxxY motif resides immediately C-terminal to Motif III within a region of predicted -helix. Using mutagenesis, we examined the role of the Q and Y residues in DNA binding, translocation and cleavage. Roles for the QxxxY motif in coordinating the catalytic residues or in stabilizing the nuclease domain on the DNA are discussed

Restrikčně-modifikační enzym Typu I EcoR124I je ATP-dependentní endonukleáza, která používá translokaci dsDNA ke štěpení ve vzdálených nespecifických místech. Bioinformatická analýza podjednotky HsdR EcoR124I a příbuzných enzymů Typu I ukázala, že kromě principiálních PD-(E/D)xK motivů I, II a III, je přítomen také motiv QxxxY charakteristický pro nukleázy skupiny RecB. Motiv QxxxY je umístěn C-terminálně za motivem III v oblasti předpokládaného -helixu. Použitím mutageneze byla zkoumána úloha aa zbytků Q a Y ve vazbě na DNA, v translokaci a štěpení. Je diskutována role motivu QxxxY při koordinaci katalytických zbytků nebo při stabilizaci nukleázové domény na DNA
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0162926