Paralelní programování v úlohách molekulární dynamiky

0212447 - UT-L 20030164 RIV CZ cze C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Pelikán, Vladimír - Hora, Petr - Machová, Anna
Paralelní programování v úlohách molekulární dynamiky.
[Parallel programming in molecular dynamics simulations.]
Výpočtová mechanika 2003 : sborník. Vol. 2. Plzeň: Západočeská univerzita, 2003 - (Vimmr, J.), s. 351-358. ISBN 80-7082-999-0.
[Computational mechanics 2003. Nečtiny (CZ), 03.11.2003-05.11.2003]
Grant CEP: GA AV ČR IAA2076201
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z2076919
Klíčová slova: parallel programming * molecular dynamics * Message Passing Inerface
Kód oboru RIV: BM - Fyzika pevných látek a magnetismus

Numerické simulace na modelech, které jsou zkoumány v úlohách molekulární dynamiky by byly nemyslitelné bez masivního nasazení tzv. clusterů a jejich programování s využitím některé z paralelních programovacích technik, jakou je kupříkladu MPI ů Message Passing Inerface. Tento příspěvek prezentuje některé výsledky z této oblasti, získané klasickým a paralelním programováním.

Molecular dynamics simulation is a well-established technique for modeling complex many-particle systems in diverse areas of physics and chemistry. The computational requirements of simulations of large systems are enormous. They make the use of high-performance parallel computers indispensable and have led to the development of a broad range of advanced algorithms for these machines. We have developed a classical molecular dynamics code in MPI based on Newtonian dynamics.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0107995