Characterizing contrasting soils and sediments with semispecific actinomycete r-DNA PCR primers

0105401 - UPB-H 20043006 RIV SIGLE CZ eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Hill, P. - Krištůfek, Václav - Caballero, S. - Kroetsch, D. J. - Rauch, Ota
Characterizing contrasting soils and sediments with semispecific actinomycete r-DNA PCR primers.
[Charakteristika různorodých půd a sedimentů užitím specifických aktinomycetových r-DNA PCR primerů.]
Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates. České Budějovice: Institute of Soil Biology AS CR, 2004, s. 88-92. ISBN 80-86525-03-1.
[Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates. Methodological workshop /9./. České Budějovice (CZ), 02.03.2004-03.03.2004]
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z6066911
Klíčová slova: contrasting soils * sediments * semispecific actinomycete r-DNA PCR primers
Kód oboru RIV: EH - Ekologie - společenstva

Most molecular biological studies of the soil characterise a few soils or sediments under a range of treatments or over a limited time. It is difficult to compare results between studies due to variations in DNA extraction method and PCR conditions. High diversity of the soil bacterial population means that it is impossible to characterise many soils through cloning and sequencing and that finger prints are often blurred and difficult to interpret. We compare a broad range of soils and zoo/anthropogenic sediments with actinomycete specific primers. ARDRA and cloning showed that these primers amplified mainly verrucomicrobia from tropical, temperate and sub-arctic soils and actinomycetes from biologically active and urban street sediments. We found two new groups that were broadly distributed in soils: a new actinomycete family and the AD-3 candidate division that was found in acid tropical and sub-arctic soils

Většina molekulárně biologických studií půd charakterizuje půdy nebo sedimenty větší škálou přístupů. Není snadné porovnat výsledky mezi studiemi, neboť se používají různé metody DNA extrakce a PCR podmínek. Vysoká diverzita půdního bakteriálního společenstva způsobuje nemožnost charakterizovat velké množství půdních vzorků klonováním a sekvenováním a fingerprinty jsou často nečitelné a těžko interpretovatelné. Porovnali jsme širokou škálu půd a zoo/antropogenních sedimentů použitím specifických aktinomycetových primerů. ARDRA a klonování ukázaly, že tyto primery amplifikovaly hlavně verrucomicrobia z půd odebraných v tropických, mírných a subartických oblastí a aktinomycety z biologicky aktivních a městských sedimentů. Nalezli jsme dvě nové skupiny, které byly široce zastoupené v kyselé a sub-arktické půdě: novou čeleď aktinomycetů a kandidáta AD-3 divize
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0012644