Tick-borne encephalitis virus-specific RT-PCR - a rapid test for detection of the pathogen without viral RNA purification

0104468 - PAU-O 20043046 RIV CZ eng J - Článek v odborném periodiku
Rudenko, Natalia - Golovchenko, Maryna - Cihlářová, Věra - Grubhoffer, Libor
Tick-borne encephalitis virus-specific RT-PCR - a rapid test for detection of the pathogen without viral RNA purification.
[Specifická metoda RT-PCR pro virus klíšťové encefalitidy: rychlý test pro detekci patogena bez purifikace virové RNA.]
Acta virologica. Roč. 48, č. 3 (2004), s. 167-171. ISSN 0001-723X. E-ISSN 1336-2305
Grant CEP: GA ČR GA524/03/1326
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z6022909
Klíčová slova: Ixodes ricinus * tick-borne encephalitis virus * RT-PCR
Kód oboru RIV: GJ - Choroby a škůdci zvířat, veterinární medicína
Impakt faktor: 0.605, rok: 2004

Among diseases transmitted by ticks in the Czech Republic, tick-borne encephalitis (TBE) caused by Tick-borne encephalitis virus (TBEV) and Lyme disease caused by Borrelia burgdorferi spirochete are most important. We propose an effective and specific test for detection of TBEV in a single tick or a pool of ticks based on the detection of TBEV RNA using an RT-PCR technique without RNA purification. The method is very sensitive with the detection limit of about 14 fg TBEV RNA in total RNA obtained from brain suspension from suckling mice infected with TBEV per reaction. The primers were derived from the 5'-terminal non-coding region, a highly conserved part of the virus. The method was successfully applied to field-collected ticks in detecting TBEV RNA. This method can be used in studies of several aspects of TBEV: epidemiology, screening of natural foci, circulation and detection of virus genome sequences in clinical materials

Klíšťová encefalitida působená virem klíšťové encefalitidy (KE) a lymeská borelióza působená spirochétami patří v ČR mezi nejdůležitější nemoci přenášené klíšťaty. Předkládáme efektivní a specifický test pro detekci viru KE v jednotlivých klíšťatech nebo ve skupině klíšťat založený na průkazu KE-virově specifické RNA s použitím techniky RT-PCR bez potřeby purifikovat RNA. Metoda je vysoce citlivá, s detekčním limitem okolo 14 fg KE-virové RNA v celkové RNA získané z mozkové suspenze z novorozených myšek infikovaných virem KE. Primery byly odvozeny z 5´-nekódující oblasti virového genomu, která je vysoce konzervativní. Metoda byly úspěšně použita k identifikaci viru KE v klíšťatech z terénních sběrů. Metoda může být použita při studiu různých aspektů KE/viru KE: epidemilogie, mapování přírodních ohnisek nákazy KE, cirkulace a detekci KE-virově specifických sekvencí v klinických vzorcích
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0011734