Confocal stereology and image analysis: methods for estimating geometrical characteristics of cells and tissues from three-dimensional confocal images

0102529 - FGU-C 20040052 RIV CZ eng J - Článek v odborném periodiku
Kubínová, Lucie - Janáček, Jiří - Karen, Petr - Radochová, Barbora - Difato, Francesco - Krekule, Ivan
Confocal stereology and image analysis: methods for estimating geometrical characteristics of cells and tissues from three-dimensional confocal images.
[Stereologie a analýza obrazu v konfokální mikroskopii: metody pro odhad geometrických charakteristik buněk a tkání s využitím trojrozměrných konfokálních obrazů.]
Physiological Research. Roč. 53, Suppl.1 (2004), s. S47-S55. ISSN 0862-8408. E-ISSN 1802-9973
Grant CEP: GA ČR GA304/01/0257; GA ČR GA310/02/1470; GA AV ČR KJB6011309; GA AV ČR KJB5039302
Grant ostatní: SI - CZ(CZ) KONTAKT 001/2001
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z5011922
Klíčová slova: confocal microscopy * image analysis * stereology
Kód oboru RIV: EA - Morfologické obory a cytologie
Impakt faktor: 1.140, rok: 2004

A short review of confocal stereology and three-dimensional image analysis is presented, pointing out the achievements accomplished in this field by the Department of Biomathematics (Institute of Physiology, Prague). One of the methods of confocal stereology, the fakir method for surface area estimation, developed by this laboratory, is described. Methods for automatic measurement of geometrical characteristics of microscopical structures, based on 3-D image processing or surface triangulation, are discussed and compared with interactive stereological methods. Three-dimensional reconstruction programs and software implementation of stereological and digital methods as well as their practical applications are presented

Stručný přehled stereologie a trojrozměrné analýzy obrazu v konfokální mikroskopii, dokumentovaný výsledky, získanými v oddělení biomatematiky Fyziologického ústavu AV ČR v Praze. Je popsána fakírská metoda pro odhad povrchu, vyvinutá na tomto pracovišti, a diskutovány metody pro automatické měření geometrických charakteristik mikroskopických struktur v porovnání se stereologickými metodami. Jsou prezentovány programy pro trojrozměrné rekonstrukce a softwarové implementace stereologických a digitálních metod včetně jejich praktických aplikací
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0009877