The architecture of the chloroplast trnH-psbA non-coding region in angiosperms

0099494 - ÚEB 2008 RIV AT eng J - Článek v odborném periodiku
Štorchová, Helena - Olson, M.S.
The architecture of the chloroplast trnH-psbA non-coding region in angiosperms.
[Architektura nekódující chloroplastové oblasti psbA-trnH u krytosemenných rostlin.]
Plant Systematics and Evolution. Roč. 268, 1-4 (2007), s. 235-256. ISSN 0378-2697. E-ISSN 1615-6110
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LC06004
Grant ostatní: ESPSCor Visiting Scholar Research Grant(US) NSF DEB 0317115
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50380511
Zdroj financování: V - jiné veřejné zdroje ; V - jiné veřejné zdroje
Klíčová slova: Chloroplast DNA * psbA-trnH intergenic region * Silene * deletions * insertions and inversions in stem-loop region * psbA 3´untranslated region * RNA secondary structure
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie
Impakt faktor: 1.492, rok: 2007

The psbA-trnH intergenic region is among the most variable regions in the angiosperm chloroplast genome. It is a popular tool for plant population genetics and species level phylogenetics and has been proposed as suitable for DNA barcoding studies. This region contains two parts differing in their evolutionary conservation: 1) the psbA 3’UTR (untranslated region) and 2) the psbA-trnH intergenic non-transcribed spacer. We compared the sequence and RNA secondary structure of the psbA 3' UTR across angiosperms and found consensus motifs corresponding to the stem portions of the RNA stem-loop structures and a consensus TTAGTGTATA box. The psbA-trnH spacer exhibited patterns explicable by the independent evolution of large inversions in the psbA 3’UTR and mutational hot spots in the remaining portion of the psbA-trnH spacer. We conclude that a comparison of chloroplast UTRs across a angiosperms offer clues to the identity of putative regulatory elements and information about selective constraints imposed on the chloroplast non-coding regions.

Intergenová oblast psbA-trnH v chloroplastovém genomu krytosemenných rostlin je velmi variabilní a hojně využívaná při studiu populací. Byla navržena k použití pro „barcoding“, tedy k určování druhů podle DNA sekvence. Tato oblast obsahuje psbA 3’UTR přepisovaný úsek. Srovnali jsme sekvenci a sekundární strukturu RNA v této oblasti u krytosemenných rostlin a nalezli konzervované motivy odpovídající stonkům vlásenek dvouřetězcové RNA a konsensus sekvenci TTAGTGTATA, která nevykazovala výraznou sekundární strukturu. Srovnání chloroplastových UTR pomůže pomoci najít evolučně konzervované elementy a pochopit evoluci nekódujících oblastí chloroplastov0ho genomu.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0158075