Proteomics of CDK inhibition in cancer cells

0090507 - ÚŽFG 2008 RIV CZ eng K - Konferenční příspěvek (tuzemská konf.)
Kovářová, Hana - Skalníková, Helena - Halada, Petr - Strnad, M. - Hajdúch, M.
Proteomics of CDK inhibition in cancer cells.
[Proteomika CDK inhibice v nádorových buňkách.]
3rd Symposium and Workshop on Molecular Pathology. Olomouc: -, 2007, s. 1-1.
[Symposium and Workshop on Molecular Pathology /3./. Olomouc (CZ), 04.05.2007-05.05.2007]
Grant CEP: GA ČR GA301/05/0418; GA MŠMT LC07017
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50450515; CEZ:AV0Z50200510
Klíčová slova: cyclin-dependent kinase inhibitors * cancer * proteomics
Kód oboru RIV: EB - Genetika a molekulární biologie

In order to improve our understanding of the biochemical basis of the anti-cancer activity of olomoucine-derived synthetic cyclin-dependent kinase inhibitors (CDKIs) and to search for novel proteins associated with these biological effects we applied complex proteomic approaches. To analyse cellular responses to the CDKI we used two cancer models: the CEM T-lymphoblastic leukemia cell line representing hematological malignancy, and the A549 lung adenocarcinoma cell line as a solid tumor model. Cancer cells of these lines were cultured in both the presence and absence (controls) of the CDKI, bohemine (BOH). Cellular proteins of both of these lines were then extracted and fractionated using conventional two-dimensional gel electrophoresis (2-DE), and for the CEM T-lymphoblastic leukemia cell line we also used a 2-D liquid phase fractionation system ProteomeLab PF 2D ( Beckman Coulter). Computer-assisted data analysis of the resulting 2-D protein expression maps was applied to determine the similarity/dissimilarity of the maps and to select characteristic protein spots or bands based on the quantitative differences between BOH-treated and control cells. Many of these differentially expressed proteins were identified by mass spectrometry, since they represent candidate biomarkers of cancer cell responses to CDK inhibition and cellular pathways that are relevant to the anti-cancer activity of the CDKIs. Subsequently, we focused directly on these proteins in confirmatory studies using various techniques (including quantitative immunoblotting, immunocytochemistry and functional activity analyses) to demonstrate the validity of the proteomic results and extend our knowledge of the CDKI effects.

Využíváme komplexního proteomického přístupu pro studium biochemického principu protinádorového účinku syntetických inhibitorů cyklin dependentních kináz (CDKI) a pro hledání nových proteinů asociovaných s těmito biologickými účinky. Nádorové buňky dvou buněčných linií reprezentujících hematologickou malignitu a solidní tumor kultivujeme v přítomnosti nebo absenci CDKI Boheminu. Celulární proteiny těchto linií extrahujeme a frakcionujeme pomocí klasické dvourozměrné gelové chromatografie a take pomocí dvourozměrné kapalinové chromatografie (systém PF2D) Získané proteinové mapy počítačově vyhodnocujeme a diferenční proteiny identifikujeme hmotnostní spektrometrií. Tyto proteiny jsou kandidátními biomarkery protinádorové odpovědi na inhibici cyklin dependentních kináz.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0151378